В увещевательной грамоте царя Василия Шуйского на Устюжну от 23 декабря 1608 г. содержался призыв постоять за веру христианскую и за государство Российское. Царь щедро обещал служилым, уездным и посадским людям денежную и поместную придачу, льготы на многие лета, беспошлинную торговлю «и во всём велим вас отарханить… чего у вас и в разуме нет». В январе 1609 г. был перенесен чудотворный образ св. Димитрия Прилуцкого из Спасо-Прилуцкого монастыря на городскую площадь. Здесь вологжане целовали крест пришедшим в город иногородним ратникам, а те – вологжанам, чтобы «всем стояти крепко и друг друга не подати и с города без совету мирского не сойти». В феврале 1609 г. в грамоте из Москвы царь В. И. Шуйский сообщал о назначении воевод Ф. Полтева, Г. и Ф. Свиньиных, составлении именных списков воинов, укреплении города и Обнорского яма, привлечении в ополчение торговых людей и гостей и даже иноземных купцов.
В ряде майских грамот царя В. И. Шуйского 1609 г. отчётливо рисуется значение Вологды как одного из центров освободительной борьбы против интервентов на севере России в 1609–1610 гг. («…А из поморских городов изо всех воеводы наши прислали к вам на Вологду многих ратных людей и стоят с вами единомысленно»). Горожане, крестьяне, служилые люди под руководством воеводы Н. М. Пушкина и дьяка Р. Воронова возвели засеки, людей по засекам поставили, укрепили острог, из Вологды посылаются отряды в Пошехонье, Романов, Кострому, Галич «со многими ратными людьми», и те города очищаются от неприятелей, «и мы, слыша о том, обрадовались…». 23 мая 1609 г. белозерцам, вологжанам, тотьмичам, устюжанам и жителям ряда других городов («старостам и посадским и всяким ратным людям») была направлена похвальная царская грамота за верность законному правительству и противостояние второму Самозванцу. В мае воевода кн. С. В. Вадбольский собрал со Спасо-Прилуцкого монастыря на жалованье ратным людям и найм иностранцев 300 руб. плюс драгоценная посуда, ковши, чарки. В том же 1610 г. монастырь отдал ещё 50 руб. и добровольные пожертвования игумена и братии.
По образному выражению С. Б. Веселовского, «Белоозеро переживало смуту, как город мужицкого земского самоуправления». Это можно сказать и о других северных городах, в которых в тревожные годы смуты в условиях ослабления и дезорганизации центральной власти активизировались «городовые советы», земско-общинные основы народного самоуправления. Рядом с воеводами и приказными людьми во главе местной администрации вставали обычные земские выборные власти и особо избранные «советные люди». Они брали на себя сбор денежных средств, даточных людей, устройство защитных лесных засек. В 1609–1610 гг. белозерцы не только не перешли на сторону Тушинского вора, но помогали Устюжне бороться против его приверженцев, послав туда отряд из 400 чел. под руководством Фёдора Подщипаева. Правда, в этом столкновении с поляко-литовцами они потерпели поражение. В первых числах февраля 1609 г. М. В. Скопин-Шуйский прислал для усиления обороноспособности Устюжны «пороховую казну», и 100 чел. пришло из Чарондской округи.
В ополчение Поморья, сконцентрированного зимой 1609 г. в Вологде, входили три группы: белозерско-каргопольская (Богдан Трусов), двинская (Фёдор Стафуров), вологодско-устюжская (Василий Дербышев). 9 февраля 1609 г. от кн. М. В. Скопина-Шуйского на Вологду прибыло военное подкрепление, а всё ополчение возглавили воеводы Никита Вышеславцев и Григорий Бороздин. В составе галицкого и ярославского подразделений вологжане участвовали в борьбе за снятие польско-литовской осады с Троице-Сергиева монастыря. В летние месяцы 1609 г. они получили из Троицкой казны по 3 руб. на человека. В числе бывших на приступе 29 июня 1608 г. называется сын боярский Андрей Петров с. Трусов, представитель известной на Белоозере и Вологде служилой фамилии. Прекращение осады Троице-Сергиева монастыря в январе 1610 г., в свою очередь, ускорило распад Тушинского лагеря под Москвой.