Часть Белозерья была взята в опричнину уже в 1565 г. – это было крупное село Чаронда на озере Воже и несколько деревень, отобранных у Кириллова монастыря. Взамен в качестве равноценного возмещения корпорации были обещаны земли из дворцовой Ирдомской волости, которые в апреле 1566 г. ей должен был передать губной староста Я. М. Гневашев-Стогинин. Подробно изучивший историю рода Гневашевых-Стогининых современный молодой исследователь Д. Е. Гневашев определяет Якова Михайловича как крупнейшего представителя земских властей на Белоозере, тесно связанного с рядом местных титулованных фамилий – князьями Кемскими, Ухтомскими, Дябринскими, Шелешпальскими.
В июне 1566 г. он же по предписанию царя должен был выслать кн. П. А. Ухтомского из его родового села Семеновского в Пошехонье. В ноябре 1568 г. ему же было поручено перевести во владение Кириллова монастыря часть вотчины казнённого «за измену» боярина, главы земской думы И. П. Челяднина-Фёдорова (село Воскресенское, тогда как другое село – Богоявленское – было взято в опричнину, поступив в состав дворцовых земель). Вскоре Я. М. Гневашев составил отписные книги Фёдоровской вотчины. Статус Белозерского уезда В. А. Колобов определяет как смешанный земско-опричный. Прерогативы земских губных старост до 1571 г. распространялись как на опричную, так и на земскую территории обширного уезда. Помимо губного старосты, на Белоозере известен городовой приказчик М. Г. Бухарин. Согласно царской указной грамоте от 28 ноября 1566 г., Кириллов монастырь с недавно полученных им новых земель с пол-трети сохи должен был платить «за ямские и приметные деньги, городовое и засечное дело и за ямчугу».
В марте 1571 г. Я. Гневашеву (как земскому) вместе со вторым губным старостой М. Лихоревым (как опричному? –
После последнего упоминания Я. Гневашева в источниках (как раз в губном наказе 1571 г.) он, возможно, был казнён. Здесь могли сыграть роковую роль его связи с известным земельным спекулянтом М. С. Вислого, также казнённым в опричнину. Понесли земельные и физические потери и другие представители родственных кланов Гневашевых-Губиных-Стогининых. Их богатая вотчина село Куность была конфискована царём, и высокому положению данного рода на Белоозере, его экономической мощи, генеалогическому единству был нанесён непоправимый урон, хотя некоторые из них служили: кто – в земщине, кто – в опричнине, становясь рядовыми помещиками. Подвергли конфискации земли и других нетитулованных вотчинников края – С. В. и Н. В. Ергольских, А. И. Бурухина.
Ещё одной страницей опричной истории на Белоозере стала конфискация ряда родовых вотчин у белозерских князей (Андомских, Вадбольских, Шелешпальских) – это также серьёзно подорвало экономические корни данных корпораций. Отмеченный процесс детально прослежен в неопубликованной кандидатской диссертации А. Л. Грязнова и ряде его многоплановых содержательных статей. В первой четверти XVII в. (как было замечено в литературе – А. И. Копанев, А. А. Новосельский, А. Л. Грязнов) практиковалось возвращение фрагментов родовых вотчин потомкам белозерских князей, иногда уже на поместном праве. Другие их потомки стали теперь помещиками в разных уездах России (Пошехонском, Новгородском, Великолуцком). Незадолго до официального учреждения опричнины были репрессированы кн. А. И. Кемский и В. С. Фуников (из ветви тех же Кемских). В начале опричнины в казанскую ссылку попал кн. В. Г. Вадбольский-Чесноков. В писцовой книге езовых волостей 1585 г. Вадбольская волость имела уже чёрносошный, государственный статус. То же самое можно сказать и об Андомской волости. Не позднее ноября 1564 г. вотчины князей Андомских в ней также были конфискованы.