В июле 1567 г. вологодский
На «государев дворовой обиход» зимой 1569 г. высекли 2 версты леса Корнильево-Комельского монастыря в Обнорской волости. В возмещение корпорация получила там же в сентябре 1569 г. 12 оброчных пустошей по указной грамоте И. А. Бутурлина и дьяка Н. Титова. В акте эти пустоши (заброшенные ещё с конца 1530-х годов, когда был опустошительный татарский набег 1538 г. на устюжские, тотемские и вологодские места) определены как оставшиеся «за поместною раздачею». Возможно, с опасением каких-то репрессий был связан книжный вклад архиерейских бояр Д. Я. и М. Я. Беляевых в Корнильев монастырь Евангелия-тетр. В 1568–1571 гг. в Обнорской волости была испомещена группа видных членов опричного двора (Васюк Грязного, С. Ф. и М. Ф. Мишурины, М. А. и Ю. А. Темиревы, Н. В. и Г. В. Хитрые, П. И. Таптыков, В. Желнырский, И. Зезюзин). Всего им было роздано около тысячи четвертей живущей, переложной и пустой земли, сотни копен сена и десятин пашенного леса, десятки лугов. В 1584 г. этим крупным массивом будет уже пожалован Спасо-Нуромский монастырь «новоявленно чудотворца Сергия Нуромского».
Помимо частичных конфискаций у монастырей, есть примеры и закрепления за ними собственности – в 1569 г. Николо-Катромский монастырь в Заозерской половине уезда получил от Грозного грамоту с подтверждением своих прав на вотчины, данные в своё время ещё князьями В. Д., И. Д. и И. В. Пенковыми. С учётом чёрносошных земель Николо-Заболоцкой волости в Заозерской половине Вологодского уезда были связаны землеописательные работы Г. Оксентьева и подьячего Ж. Мартьянова.
Крупные земельные массивы в вол. Авнеге получили И. А. Бутурлин и Малюта Скуратов (Г. Л. Бельский). «Ивановское поместье Бутурлина» ретроспективно упомянуто в одной отдельной выписи 1610 г., а «Малютинское поместье Скуратова» – в приходо-расходной 1627/28 и окладной 1628 г. книгах Вологодского архиерейского дома. Оно представляло собой особенно крупный владельческий комплекс из 12 приходов на Сухонском правобережье (волости Авнега и Шилегда), а на левой стороне реки доходя до Наремской слободки включительно. Учитывая гибель Малюты Скуратова в битве у крепости Пайды в Ливонии в 1573 г., получение им столь крупного массива можно датировать временем до указанного срока, скорее всего в 1569–1571 гг. В волости Авнеге на Сухонском правобережье крупный владельческий комплекс – село Никольское Старое – был пожалован другой видной опричной фамилии – Басмановым.
К периоду опричнины можно предположительно отнести основание под Вологдой монастыря – Дюдиковой пустыни (с храмом Рождества И. Предтечи), приписанной к московскому Николо-Угрешскому монастырю. В церковной ризнице Иоанно-Предтеченского храма ещё в XIX в. хранились какие-то местные записи об эпидемии в 1571 г. С Николо-Угрешским монастырём была связана ещё одна небольшая обитель – Ефремова, она же Леонидова, она же Режская, она же Спасо-Николаевская пустынь в Тотемском уезде у впадения р. Режи в Вагу. На основании духовной Феодосия Суморина 19 декабря 1567 г. можно считать, что пустынь эта на указанный момент была подчинена уже основанному им в Тотьме Спасо-Преображенскому монастырю. В самой Вологде около 1567/68 г. на средства царя был основан (либо возобновлён) Ильинский мужской монастырь для 23 старцев, содержание которого осуществлялось за счёт денежной и хлебной руги. Руга в виде доходов с «конной пролуби» была пожалована царём, вероятно, в опричные годы церкви Афанасия Александрийского на р. Золотухе.