На пространстве Вологодско-Пермской епархии высокий сан архимандрита впервые получил настоятель Спасо-Каменного монастыря Афанасий не ранее декабря 1560 г. и не позднее мая 1562 г. Скорее всего, это произошло в связи с ликвидацией владельческих прав ярославских князей (со смертью в 1562 г. последнего представителя их старшей ветви кн. Ив. Вас. Пенкова) на заозерскую часть спасо-каменской вотчины, а также в связи с окончательным переносом на Вологду архиерейской кафедры. Хронологическая грань этого события определяется тем, что в декабре 1560 г. при игумене Афанасии из Москвы в монастырь был привезён колокол, а в мае 1562 г. в жалованной грамоте Ивана IV тот же Афанасий уже поименован архимандритом. Поскольку в 1558 г. при игумене Афанасии в монастыре строится церковь во имя Усекновения Честные Главы Иоанна Предтечи (небесного патрона царя), то без личного благоволения монарха к настоятелю здесь не обошлось, что могло сыграть роль в получении им высокого звания архимандрита.
И хотя Спасо-Прилуцкий монастырь был намного ближе расположен к городу, предпочтение всё же было отдано островному, но зато более древнему (первому в Вологодских пределах, как говорилось в Повести о Троицком Усть-Шехонском монастыре) Спасо-Каменному монастырю. Допустимо предположение, что тем самым их политический вес в какой-то степени уравнивался: основатель Спасо-Прилуцкой обители Димитрий имел общерусское почитание, а Спасо-Каменный монастырь, желаемый «кандидат» которого на такой же статус князь-инок Иоасаф Каменский из-за своей удельнокняжеской принадлежности не имел шансов стать общерусским святым, обрёл архимандритию. Не исключено, что свою роль сыграл и больший на тот момент экономический потенциал Спасо-Каменного монастыря по сравнению не только со Спасо-Прилуцким, но и с любым другим тогдашним монастырём Вологодско-Пермской епархии.
Учреждение архимандритии в Спасо-Каменном монастыре (хотя он и не являлся в строгом смысле городским) способствовало сословной консолидации, пусть и сравнительно поздней, в Вологодской епархии, чёрного духовенства, воплощало в себе его «представительство». Во всяком случае, спасо-каменские архимандриты присутствовали практически на всех церковных и церковно-земских соборах конца XVI–XVII в. и первыми ставили свои подписи под соборными актами.
Первым настоятелем, получившим почётный титул архимандрита, в рамках Устюжской десятины Ростовской епархии стал глава Михайло-Архангельского монастыря (не позднее 1510 г.). Отметим близость судебного статуса этой обители и соборной Успенской церкви – для обоих в XV-начале XVI в. существовал единый срок по предъявлению гражданских и духовных исков – Сретение. Второй после Михайло-Архангельского монастыря в Устюжском крае была архимандрития во Введенском Сольвычегодском монастыре, установленная не позднее 1605 г. В грамоте Ростовского митрополита Кирилла о поминовении умершего царя Б. Ф. Годунова от 19 марта 1605 г. церковная организация Сольвычегодска и Усольского уезда выглядит вполне сложившейся – помимо Введенского архимандрита, в неё входил протопоп соборной Благовещенской церкви, игумены второстепенных монастырей, попы и дьяконы посадских церквей. В рамках отдельно взятых севернорусских городов с прилегающей к ним округой соборные церкви (с их протопопиями) и институты архимандритии играли организующую местное белое и чёрное духовенство роль.
В более раннее время, при отсутствии института архимандритии, организация чёрного духовенства Белозерско-Вологодского края по-своему была иерархична. В этом отношении показательна грамота вел. кнг. Марии Ярославны в Кириллов монастырь о поминовении Пафнутия Боровского 1477–1482 гг. В ней Кириллов, Ферапонтов и Спасо-Каменный монастыри получали на поминальную «кормлю» по 3–4 руб. «и с тем, монастырями, которые к ним тянут». Группа других монастырей в соответствии с получаемой «кормлей» – 1,5 руб. – занимала более младшее положение (Павлов Обнорский, Спасо-Прилуцкий, Николо-Озерский, Покровский Сямженский), а далее указывался Покровский Глушицкий (1 руб.), белозерские Никитский на Шексне и Троицкий Усть-Шехонский (по 25 алт.) монастыри.