1 марта 1492 г., как говорится в Вологодско-Пермской летописи, Иван III по совету с московским митрополитом Зосимой и новгородским владыкой Геннадием передал пошлины с церквей в городе и на посаде, прежде находившихся под юрисдикцией Новгородского архиепископа, а также митрополичьих церквей в городе и на посаде в ведение епископа Пермского Филофея. Несмотря на отказ Новгорода от Вологды по Яжелбицкому договору 1456 г., в Коростынском соглашении 1471 г. юрисдикция новгородского архиерея над вологодскими церквами ещё признавалась («а на Волоце и на Вологде владыце церкви и десятина и пошлина своя ведати по старине»).
С 1492 г. наметился новый этап формирования церковно-административной и финансовой структуры города и уезда, однако обрисовать его можно лишь в самых общих чертах. Был составлен список церквей, передаваемых в ведение Пермской кафедры. В описи царского архива 1575–1584 гг. упоминается «…ящик 150. А в нём грамота Симона митрополита и Геннадия архиепископа Новгородского Пермскому владыке на церкви». В пермских актах конца XV в. должностные лица владыки называются «слугами» и «десятильниками». Формирование Вологодского уезда происходило практически одновременно со складыванием его церковно-административной, десятинной структуры.
В грамотах пермско-вологодских архиереев 1556 и 1562 гг. фиксируются три десятины –
Ещё один вотчинный комплекс Кириллова монастыря – Рукина Слободка – также состоял из двух частей – вологодской и белозерской, соответственно и церковная юрисдикция в их приходах была разная – Вологодского и Ростовского архиерея. На Белоозере же администрация ростовского владыки сложилась намного раньше, будучи представлена десятильниками, доводчиками и данщиками – термины эти в разных сочетаниях и контекстах фигурируют и в Белозерской уставной грамоте 1488 г. (ст. 17), и в ряде актов Кириллова монастыря второй половины XV в.
Формирование территориальных структур Вологодского уезда в гражданском (его Заозерской половины) и церковном (Заозерской десятины епархии) отношении происходило практически одновременно. Так набирает силу тенденция к более строгой соотнесённости административных и церковных границ, но до полного её осуществления потребуется ещё немало времени.
Наряду с десятинами и соборными церквами важную оганизующую роль в консолидации белого и чёрного духовенства играл институт