О сильной пестроте, чересполосности в системе управления можно говорить применительно не только к гражданской, но и церковной сфере.
Становление церковно-административной системы и её институтов на обширном пространстве Русского Севера было длительным и сложным. До конца XIV в. разные земли края являлись северными территориями наиболее древних епархий – Новгородской и Ростовской. В 1383 г. часть северных земель (главным образом по р. Вычегде) вошла в состав созданной Стефаном Храпом Пермской (с 1492 г. – Пермско-Вологодской) епархии. В 1658 и 1682 гг. в ходе очередного «разукрупнения» образовались три новые епархии – Вятская, Устюжская и Холмогорская. Архаические элементы первоначально проездной организации управления в виде осенне-зимнего «объезда» сельских приходов Устюжской земли владычными десятильником, доводчиком с их людьми, сбора «полюдного» корма отражены в позднейшем источнике – окладной книге Устюжской десятины Ростовской митрополии 1625 г.Помимо десятин
с соответствующими им десятильниками (по сути церковными наместниками) как крупных административно-территориальных единиц церковного управления, в становлении его системы большое значение имели городские соборы с состоявшими при них клиросами. Я. Н. Щапов считает их важной формой церковных организаций Древней Руси (до XV в.). В них велась ежедневная служба («вседневное пение»), их священнослужители исполняли административно-судебные и налоговые функции в масштабе своего города, они имели значение коллективного органа управления городскими церквами. Несомненный интерес представляют данные об освящении городских соборов во имя Успения Богородицы на Устюге (в 1290 г. ростовским епископом Тарасием) и в Вологде (в 1303 г. новгородским епископом Феоктистом). Никаких других столь же ранних сведений о существовании городских соборов в изучаемом регионе нет. Отмеченными акциями территориально разграничивалась юрисдикция Новгородской и Ростовской архиерейских кафедр на обширном Сухоно-Двинском пространстве. Рубеж между ними в XII–XIII в. мог проходить в районе упомянутого погоста Векшенга, а позднее в связи с усиленным потоком населения из «Низовой Руси», уходившего от ордынского разорения, был сдвинут к западу от Шуйского городка, у впадения речки Шуйки в Сухону, ставшего вторым после Устюга опорным пунктом Ростова на Сухоне.Значение соборных церквей для Вологды и Устюга было весьма существенным в связи с тем, что длительное время города эти не являлись кафедральными. С учётом явно окраинного положения Устюга можно со всей определённостью говорить о миссионерском значении его соборного клира. До 1303 г. одним из клириков Успенской церкви был некий Симеон, отец будущего просветителя народа коми Стефана Пермского, рождение которого было предсказано наиболее почитаемым на Устюге святым Прокопием Праведным. В ней же и сам Стефан когда-то служил причетником. В ходе его миссионерской деятельности на Вычегде именно в Устюге в больших количествах приобреталась церковная утварь, необходимая для новых храмов. Кроме того, какая-то часть устюжского духовенства ушла к Стефану на Вычегду для оказания ему помощи в христианизации коми-зырян.
Для XVII в. имеются разнообразные данные о роли соборного духовенства Устюга в административно-судебной организации Ростовской митрополии: успенский протопоп с братией вместе с чёрным духовенством города (архимандритом Михайло-Архангельского монастыря, игуменами Троице-Гледенского, Иоанно-Предтеченского, Троице-Телегова, Николо-Прилуцкого монастырей) исполняли важные функции церковного суда. На имя соборного протопопа и ключаря подавались явочные челобитные от гражданского населения. Иногда в явках, наряду с «соборянами», одновременно в качестве адресатов фигурировали и земские судейки, что свидетельствует об известной переплетённости гражданского и церковного суда.