Подобное пристрастие к кавалерийскому делу объяснялось опытом Русско-японской войны. Тогда, в бою под Яньтайскими копями, одна из дивизий русской армии, попав в высокий гаолян, рассыпалась. Начальник дивизии генерал Орлов был ранен, а начальник штаба подполковник Глобачев не смог справиться с управлением конем, который унес его в тыл. В результате этого управление дивизией было потеряно, о чем было доложено по команде. Поэтому было решено верховой езде в академии уделять особое внимание.
Академическое начальство строго следило за посещением манежа и лекций, но мало интересовалось тем, что делают офицеры вне стен академии и условиями их жизни.
На втором курсе академии чисто военные дисциплины занимали еще больший удельный вес, чем на первом: стратегия, общая тактика, история новейших войн, общая военная статистика, представлявшая, по существу, обзор пограничных с Россией стран на западе и востоке, инженерная оборона государства, военные сообщения, военно-морское дело и т. д. Помимо работы в академии, к практическим занятиям по тактике приходилось много готовиться дома.
После завершения учебы на втором курсе и сдачи экзаменов офицеры уходили в войска, считаясь окончившими академию по второму разряду. И только те, кто имел успеваемость свыше 10 баллов, оставались для продолжения учебы на дополнительном курсе. В результате такого «отсева» в том году из 95 человек, окончивших старший курс, на дополнительный курс было зачислено 62 человека. В их числе был и Б. М. Шапошников, который по успеваемости был на седьмом месте.
Офицеры, оканчивавшие дополнительный курс, предназначались для службы по линии Генерального штаба, т. е. в качестве обер-квартирмейстеров штабов дивизий (оперативных отделений). Они должны были уметь готовить боевые документы, правильно передавать распоряжения командира, составлять различные аналитические справки и доклады. В связи с этим программа дополнительного курса состояла преимущественно из практических занятий и разработки письменных научных работ. По результатам проведенных исследований требовалось делать доклады.
В начале XX века академия все больше ориентировалась не только на подготовку офицеров для службы по линии Генерального штаба, но и для работы в войсках. В связи с этим приказом по Военному ведомству от 12 августа 1909 года она была переименована и стала называться Императорской Николаевской военной академией.
Академию возглавлял в период учебы в ней Шапошникова генерал Д. Г. Щербачев. По словам Бориса Михайловича, на этот пост Щербачев попал только потому, что активно участвовал в подавлении революции 1905 года. Под стать начальнику был и правитель дел академии полковник А. К. Баиов. По своему служебному положению правитель дел имел большой вес в постановке учебного процесса. Сам он читал лекции по истории военного искусства, «читал скучно и нудно». Полной бездарностью был преподаватель тактики конницы профессор А. Г. Елчанинов, который к тому же плохо ездил на лошади и потому приходил иногда на лекции с забинтованной головой. За это и за его ум офицеры окрестили Елчанинова «всадником без головы».
Но были и другие профессора в академии, о которых Шапошников отзывался с уважением. В их числе были: военный инженер В. С. Иппатович-Горанский, артиллерийский специалист полковник В. С. Дельвиг, отличный лектор по тактике пехоты Н. А. Данилов, преподаватель стратегии полковник А. А. Незнамов, преподаватель общей тактики полковник В. В. Беляев, преподаватель военной статистики П. А. Христиани, преподаватель военной истории подполковник Н. Н. Головин, преподаватель русской истории С. Ф. Платонов.
Правда, к оценкам преподавателей, даваемых Б. М. Шапошниковым, следует относиться весьма осторожно. Нужно помнить, что свои воспоминания он писал в то время, когда еще не выветрилась эпидемия «врагов народа». Поэтому «худшими» были те, кто не принял советской власти и «лучшими» те, кто остался в СССР после 1917 года…