Диссертация была представлена в ученый совет для предварительной защиты в январе 1980 года. Это был редкий для НИИВТ случай, когда аспирант представил работу сразу по окончании отведенного срока и нотки зависти у многих были отчетливо уловимы. Бывший однокашник, когда-то стремившийся получить тему, связанную с технологией, теперь рассказывал каждому, кто хотел его слушать, что у него урвали «лучший кусок», а его направили туда, где труднее (позже он сменил научную деятельность на работу электромонтера в метро, но, правда, потом вновь вернулся в НИИВТ). Рассмотрения диссертации в ученом совете НИИВТ пришлось ждать около трех месяцев, за это время я договорился о приеме диссертации к защите в МИФИ, сдал на «отлично» квалификационный экзамен по специальности «Экспериментальная физика» и даже прошел в МИФИ процедуру предварительной защиты. Председательствовал на предзащите известный ученый О. Лейпунский, но процедура прошла скомкано — до меня выступал соискатель докторской степени и занял почти все отпущенное время.
Рассмотрение диссертации на ученом совете НИИВТ состоялось в апреле 1980 года. Отзывы рецензентов были положительными, отношение аудитории — благожелательным. Насторожило, когда вопросы стал задавать Затычкин, но ожидавшейся истерики не последовало. Все заинтересовались кластерными ионами благородных газов, задал пару вопросов и заместитель директора — тоже вполне деловых. Потом он извинился — ему надо было ехать в министерство — и, уходя, сказал: «Я голосую — „За“». Это была победа.
Отправленная в МИФИ диссертация насчитывала 132 листа, а сопровождали ее 136 листов разнообразных справок, ходатайств, отзывов и характеристик. 15 сентября ученый совет теоретического факультета назначил дату защиты — 16 февраля 1981 года.
Необходимо было утвердить официальных оппонентов, получить отзывы. Алгоритм действий был таков: организовывалась встреча со специалистом, известным своими работами в данной области, тот пролистывал диссертацию и предлагал выступить на семинаре. Там он наблюдал, как его молодые сотрудники, демонстрируя свою эрудицию, нападали на творение диссертанта и, если приходил к выводу, что тот себя в обиду не дал — соглашался. Кроме Якубова, официальным оппонентом стал профессор Московского авиационного института П. Кулик (также имевший работы по кластерным ионам), а ведущей организацией — Институт атомной энергии, отзыв которого подписал мировой авторитет в области атомных взаимодействий — О. Фирсов.
Наконец, настал день «настоящей» защиты диссертации. После всех полагающихся процедур и доклада, последовали вопросы. Неожиданных среди них не было: после каждого из предшествовавших семинаров, все вопросы тщательно записывались и продумывались лаконичные, исчерпывающие ответы. Странноватым казалось поведение председателя совета Кэтова, декана теоретического факультета МИФИ. Задав всего один вопрос по теме и не найдя к чему придраться в ответе, он неожиданно заявил, что небрежно оформлен автореферат. Далее он спросил, почему диссертация закрытая (не секретная, а — с ограничениями в публикации), явно намереваясь развить далее тезис о том, что соискатель счел за благо не выносить результаты на «суд научной общественности». Ответ, что по результатам работы сделано много изобретений, а их нельзя публиковать без разрешения и что такое решение принято не мной, декана огорчил. Всем своим откинувшимся на стуле телом выразив крайнюю степень презрения, он, словно испытывая на прочность бумагу, шумно и нарочито небрежно пролистал дело и, найдя там справку, где приводился перечень из двадцати четырех изобретений, заявил: «Не понимаю, что в этой работе вообще могло явиться предметом изобретения!» Захотелось посоветовать утолить эту гложущую душу печаль во ВНИИ государственной патентной экспертизы, но пришлось сдержаться. Оказался провидцем доцент МИФИ В. Крамер-Агеев, прочитавший ранее диссертацию и посоветовавший «затушевать» упоминания об изобретениях: «Зачем вам эти купеческие замашки? У большинства членов совета их не более десятка. Не попытаетесь же вы доказывать им, что в аспирантуре вы сделали больше, чем они — за всю свою карьеру?»