В 1800 г. появляется значительная работа Шеллинга «Система трансцендентального идеализма». В ней автор признает равновозможными два взаимодополняющих друг друга подхода; исходным пунктом одного из них является природа (объективное), другого — человеческое сознание (субъективное). Природное развитие завершается появлением человеческого сознания, т. е. превращением объективного в субъективное, а развитие субъективного, или история самосознания, дает результатом законченную объективность. При последующем развитии своих натурфилософских идей автор постоянно имеет в виду, что они являются уже только составной частью его более общего представления об изначальном тождестве субъективного и объективного. В «Изложении моей системы философии» (1801) он провозгласил тождество принципом своей философии и зафиксировал многозначительность этого события; мыслителю, по его собственному утверждению, открылся тогда «свет в философии».
Работа Гегеля «Различие между системами философии Фихте и Шеллинга» (1801) поддержала и укрепила Шеллинга в сознании того, что его натурфилософия не просто ветвь фихтеанской теории познания, но содержит в себе новый принцип и что тождество мышления и бытия есть как основной предмет, так и принцип его подхода. В различных сферах философии и разными способами прокладывает он дорогу своей философии тождества: в лекциях по философии искусства (читанных в Иене в 1802–1803 гг. и в Вюрцбурге — в 1804 и 1805 гг.), в курсе лекций «О методе академического изучения» (1802), в философском разговоре «Бруно, или О божественном и естественном начале вещей» (1802), в своем гносеологическом и историкофилософском подходе — повсюду проводит он один и тот же принцип. Наконец, обращая взор на историю своей собственной философии, он обнаруживает у самых истоков ее, в «Философских письмах о догматизме и критицизме» (1795), замечания об уничтожении в абсолюте всех противоположностей и противоборствующих начал, явный зародыш своих теперь уже оформившихся воззрений (см. 12, 54).
Чтобы довести свои взгляды до более широких кругов, Шеллинг публикует курсы читаемых им лекций, издает «Журнал спекулятивной физики» (1800–1802) и — в соавторстве с Гегелем — «Критический журнал философии» (1802), печатается даже в таком журнале, как медицинский ежегодник. Настойчивость Шеллинга в распространении им своих воззрений примечательна в той связи, что саму философию он считает принципиально недоступной «многим», эзотеричной по самому ее существу. Его статья «Иммануил Кант» (1804) появилась сначала просто как газетный очерк. Он пробует различные стили: математический (опыт изложения «Философии искусства» по образцу спинозовской «Этики»), диалогический («Бруно»), афористический («Изречения, служащие введением в натурфилософию»), наконец, публицистическо-полемический стиль. Личные контакты также играют немаловажную роль в деле распространения им своих взглядов; непосредственное общение и переписка с ним оказали большее или меньшее воздействие на таких людей, как Г. Стеффенс, Л. Окен, Д. М. Велланский, П. Я. Чаадаев.
Это стремление сделать свое учение доступным и понятным многим, притом без снижения теоретического уровня, сочеталось у защитника философии тождества, точнее, постоянно боролось в нем с непомерным самомнением и аристократизмом. Излюбленной поговоркой его была строка из Горация: «Ненавижу толпу невежд и держусь от нее вдалеке». С другой стороны, при страстном отстаивании величия философии, как таковой, и своей в особенности, этот экспансивный гений часто примешивал к высокой принципиальности мелочные литературные склоки. Со временем непривлекательные, слабые стороны в складе характера философа стали выступать все обнаженнее. Если в ранние годы своего творчества он свободно использовал вошедший в обычай у романтиков способ софилософствования, замечательным примером чего было издание им «Критического журнала философии» совместно с Гегелем без разграничения авторства, то позднее Шеллинг стал ревностно охранять свои идеи, отстаивать право собственности на них. «Мои идеи», приговаривал он, жалуясь на «похищения» и забывая, что в том завидном кругу знакомств, в котором вращался он в молодости, одни и те же идеи порой зарождались в разных головах одновременно; нередко они были плодом творческого общения, в процессе которого каждый оказывал воздействие на другого и одновременно впитывал духовное богатство другого; влияние было взаимным; случалось и так, что объединяющие этих людей общие им идеи разгуливали в их среде без авторского клейма, и вопрос о чьем-либо приоритете в их открытии не имел того особого значения, которое он приобрел для Шеллинга позднее. После смерти друга своей молодости Гегеля (1831) он не упустил случая ввязаться в спор об истинном авторстве стародавней статьи «Об отношении философии природы к философии вообще», напечатанной без подписи в «Критическом журнале философии» (1802), заявив, что статья написана им, Гегелю же не принадлежит в ней «ни буквы».