Рядом с ним обнаружили листок бумаги, на котором его рукой бегло была сделана запись: «Опыты над передачею взрыва на расстоянии. Опыт 12-й. Для этого опыта необходимо добыть безводную синильную кислоту. Требуется поэтому величайшая осторожность, как при опыте со взрывом окиси углерода. Опыт 13-й: взрыв окиси углерода вместе с кислородом. Надо купить элементы Лекланше и Румкорфову спираль. Опыт повторить здесь в большом помещении по отъезде семьи…». По тому, как были написаны последние слова, можно сделать вывод, что записка осталась неоконченной.
У обнаруживших тело Михаила Филиппова создалось впечатление, что упал он внезапно, как подкошенный. Это потом подтвердили и эксперты: по положению тела и ушибам на лице. Но что касается причины смерти – здесь единства мнений не было.
Доктор Полянский был первым из врачей, кому довелось освидетельствовать тело. О причинах смерти Полянский первоначально сделал следующую запись: «Mors ex causa ignota» («Смерть по неизвестной причине»).
После этого, в ночь на 15 июня, тело М.М. Филиппова по распоряжению судебных властей было перевезено в Мариинскую больницу. По решению властей к расследованию был привлечён делопроизводитель Главного артиллерийского комитета полковник Гельфрейх, которому было поручено произвести экспертизу опытов, проводившихся Филипповым в ночь его смерти.
После вскрытия тела покойного, произведённого в Мариинской больнице, под нажимом охранного отделения полицейский врач Решетников и полковник Гельфрейх дважды меняли свои заключения. С одной стороны, Решетников установил, что смерть Филиппова наступила «от паралича сердца в результате органического сердечного порока», а полковник Гельфрейх, заявил, что трагедия случилась в результате неосторожного добывания паров синильной кислоты. А с другой стороны, в заключении, подписанном теми же Решетниковым и Гельфрейхом, имелись такие выводы: «В числе вещественных доказательств найден каменный котелок с какой-то солью и жидкостью. Если эта соль – жёлтая соль, а жидкость – разведённая серная кислота, то не может быть сомнения в том, что эта операция велась М. Филипповым исключительно с целью самоотравления». Заключению экспертов не поверил никто – ни родные, ни коллеги, ни публика… В газетах поднялась шумиха.