Упоминание о Константинополе особого удивления не вызвало: многовековая мечта русских патриотов вернуть христианскому миру Константинополь и храм Святой Софии, с тем чтобы под эгидой России возродить Византийскую империю, и в начале ХХ века пользовалась большой популярностью. Однако обещанная Михаилом Филипповым рукопись «Революция посредством науки, или Конец войнам», в которой должна была подробно излагаться суть этого революционного изобретения, бесследно пропала.
Как сообщал журнал «Техника – молодёжи» в ноябре 1965 года в статье «Что же открыл доктор М.М. Филиппов?», несмотря на то, что после Октябрьской революции 1917 года был открыт доступ к архивам департамента полиции, изъятых у родственников Михаила Филиппова документов и записей там обнаружить так и не удалось.
Практически сразу же после крайне загадочной смерти Михаила Филиппова пошли разговоры о том, что к его гибели могли быть причастны сотрудники охранного отделения. И тому были причины: из своего открытия Филиппов особого секрета не делал и, к тому же, сочувственно относился к революционным идеям. С начала 1880 года он находился под негласным надзором полиции, а с 1901 года – и Охранного отделения. Впрочем, высказывалась версия, что его могли «убрать» и сами революционеры.
В статье Владимира Ярова «Война становится фактическим безумием…», опубликованной в газете «Красная звезда» 6 февраля 2008 года, излагается версия о том, что к устранению Михаила Филиппова мог иметь отношение агент Охранного отделения Евно Азеф. Вполне возможно. Но вот в статье Г.Д. Гловели «Судьба энциклопедиста», опубликованной в «Вестнике международного института А. Богданова» за 2003 год, приводятся воспоминания Александра Чижевского из его книги «На берегу Вселенной. Годы дружбы с Циолковским». Чижевский, являвшийся последователем Циолковского и хорошо его знавший, также высоко ценил Михаила Филиппова. Неоднократно обсуждая причину таинственной смерти учёного, Чижевский и Циолковский сходились во мнении, что причиной гибели Филиппова всё-таки стало огромное напряжение, с которым он работал. Вот сердце и не выдержало…