Шлиман начал рыть встречную траншею с юга. Она вскоре наткнулась на мощную стену, тщательно сложенную из обтесанных камней. Можно было думать, что это – бастион стены Лисимаха, которая относилась к «историческому» периоду, не имела отношения к Гомеру и должна быть разрушена, чтобы не мешать движению вперед. Так же, к сожалению, были снесены стены доисторического здания из камней, слепленных глиной, найденные на трехсаженной глубине: они относились к четвертому снизу, не гомеровскому слою. Пострадали и некоторые другие сооружения. Но главная цель осуществлялась: обе траншеи неудержимо стремились на соединение.
В это же время Шлиман получил разрешение начать раскопки в северо-восточном углу холма, принадлежавшем Франку Кальверту. Уже первые дни принесли поразительную находку. Среди огромного числа обломков дорических колонн была найдена чудесная мраморная метопа с изображением солнечного бога Гелиоса
На значительной глубине под храмом вновь были найдены стены. Одна – циклопической кладки, из гигантских каменных блоков, щели между которыми были заложены более мелкими камнями. Шлиман признал ее принадлежащей ко второму сверху, предпоследнему городу. Рядом была другая стена, загадочная: она поднималась не вертикально, а с наклоном в 45 градусов. Можно было предположить, что она предназначалась для укрепления откоса горы. Относительно ее датировки Шлиман колебался. В обстоятельном письме он поделился своими сомнениями с английским профессором Сейсом
Письмо к Сейсу важно не тем, что Шлиман не сумел сам определить возраст наклонной стены (дальнейшее показало, что и Сейс ошибся). Важно, что это-первая попытка Шлимана привлечь к работе ученого-специалиста. Постепенно освобождаясь от воодушевления самоучки-открывателя, Шлиман стал понимать значение коллективного научного творчества, в котором разные стороны единой проблемы разрабатываются отдельными специалистами. Шлиман понял, что человек не может знать все, и с этой минуты он начал становиться истинным ученым.
Траншея сквозь холм шла чрезвычайно медленно. Известняковая почва была тверда как камень. Шлиман придумал новый способ проходки: на расстоянии в шестнадцать футов друг от друга закладывались вертикальные шурфы, огромные куски породы отделялись ими от почвы, подкапывались снизу и при помощи мощных рычагов и лебедок отламывались. Но от этого способа скоро пришлось отказаться: он не только грозил разрушением таившихся в почве находок, но был попросту опасен. Один такой обломок объемом в 2560 кубических футов при падении завалил двух рабочих, которые только чудом остались живы. Это глубоко потрясло Шлимана. Он стал гораздо осторожней.