То, что брак будет, мягко говоря, прохладным, оба поняли почти сразу после свадьбы: Варфоломеевская ночь вынудила Генриха Наваррского и его двоюродного брата Генриха Конде почти два года прожить в Лувре в так называемом плену; новобрачным пришлось много времени проводить бок о бок, и очень быстро стало очевидным, что они друг другу совершенно не подходят. Оба самостоятельные и независимые, они не желали ни подчиняться, ни уступать. Но и ссорились редко. Каждый просто жил своей жизнью. Правда, бывали моменты, когда Маргарита все-таки вскипала, если Генрих вел себя уж слишком вызывающе. Поводом для семейного скандала стала, например, любовная связь Генриха, тогда еще только короля Наваррского, с Шарлоттой де Бон-Самблансе, по первому мужу – мадам де Сов. Шарлотта была фрейлиной Екатерины Медичи и членом «летучего отряда». Коварная Екатерина использовала красавицу де Сов, чтобы рассорить Генриха Наваррского, своего зятя, с Франсуа Алансонским, собственным сыном. Фрейлина завела роман с обоими, кавалеры дико ревновали, отношения между ними разладились, а королева-мать удовлетворенно потирала ладошки. Если верить мемуарам Маргариты Валуа, то комбинацию затеяла не мать, а брат, король Генрих Третий, при этом мадам де Сов заодно и с герцогом Гизом закрутила, однако другие авторы утверждают, что да, с Гизом было, но всего один раз. Как бы там ни было, открытые любовные страдания мужа не оставили Маргариту равнодушной, а заинтересованные лица использовали этот факт, чтобы внести политически окрашенный разлад между супругами. Генрих отдалился от жены, перестал делиться с ней своими замыслами, а Маргарита переметнулась на сторону младшего братишки, Франсуа.
Детей в браке с Маргаритой не появилось, но вне брака они у короля были, так что вина за бездетность целиком лежала на супруге Генриха. Отношения с мадам де Сов длились несколько лет, причем вышеуказанная дама, как пишет Маргарита (и историки это полностью подтверждают),
В середине 1580-х Генрих (тогда еще король Наварры) помимо легких интрижек завязал отношения с Дианой д’Андуэн, графиней де Гиш, которая помогала ему финансами в борьбе с католиками и давала умные советы. Этот роман был из категории серьезных, но Генрих без всяких страданий прекратил его, поскольку, как деликатно высказывается Эрнст Хинрикс,
А вот после того как Генрих Наваррский превратился в Генриха Четвертого, все стало иначе: стабильно и, так сказать, по месту жительства, а не на выезде. Официальной фавориткой король объявил молоденькую Габриэль д’Эстре, девицу далеко не целомудренную. Ее матушка, как утверждают многие авторы, продавала своих дочерей за вполне достойные суммы вполне достойным дворянам, продала и Габриэль, да не кому-нибудь, а самому Генриху Третьему за 6 000 экю. Королю девочка не сильно приглянулась, он короткое время попользовался ею и дал отставку. После короля Габриэль побывала в руках одного из братьев де Гизов (кардинала), затем перешла к итальянскому финансисту, затем гуляла по разным высокородным дворянам, пока ее не присмотрел новый король, Генрих Четвертый. Двадцатилетняя девушка сразила Генриха своей несравненной красотой, и он влюбился по самые уши, сделал Габриэль сперва просто любовницей, потом официальной фавориткой, приискал ей подходящего муженька, немолодого, непритязательного и покладистого. В общем, все как полагается.