В частности, в ходе спора с капитаном фон Эцдорфом, офицером связи Министерства иностранных дел при ОКХ, он сказал, что ориентация режима ему все больше и больше не нравится. Гитлер изменил лицо войны. В ходе своего выступления в рейхсканцелярии 30 марта 1941 года перед 200 офицерами трех видов вооруженных сил, среди которых был и Штауффенберг, фюрер провозгласил: «Наши задачи в России: разгром армии, уничтожение государства. Полное искоренение большевизма, как социального зла, представляющего опасность для будущего». До этого все было нормально. Но последующие слова были ужасными: «Забыть всякое солдатское братство. Перед боем коммунист не является товарищем, не станет он им и после боя. Это — война на истребление». Другими словами, это означало конец чести оружия. Несмотря на эти соображения, Клаус отказался разделить с Эцдорфом идею заговора с целью свержения Гитлера. Он посчитал эту идею слишком опасной, чреватой провокацией. А главное, он посчитал эту идею тем более гиблой, что не было никакого способа привести ее в действие. Хотя он и был поэтом, но отнюдь не мечтателем. И не желал тешить себя иллюзиями. Однако из Ставки фюрера начали дуть нехорошие ветры. Все шло к тому, что управление оккупированными странами у вермахта собирались забрать и передать в руки чрезвычайных комиссаров, которые должны были получать указания непосредственно из рейхсканцелярии. Рейхсфюрер Гиммлер намеревался создать зондеркоманды СС и СД для выполнения особых задач. Штауффенберг не совсем понимал, к чему все шло. Он точно не знал о приказе Гейдриха от мая 1941 года об уничтожении евреев, «азиатов низшей расы» и цыган. Но, учитывая польский опыт, полагал, что времена «честной» войны прошли. Вермахт должен был рисковать шкурой впереди, а СС собиралась марать репутацию немцев в тылу армии. 6 июня 1941 года генерал фон Браухич, сгорая от стыда, был вынужден подписать «приказ о комиссарах», что многое проясняло. В нем указывалось, что «подстрекатели к азиатским и варварским методам борьбы […], плененные в бою или застигнутые при оказании сопротивления, подлежат расстрелу». Офицерам, которые спрашивали, как можно было распознать политкомиссаров, говорили, что они должны обязательно носить очки и длинные волосы. Было ясно, что, помимо задачи победы в войне, вермахт должен был превратиться в огромную расстрельную команду.
Но у Штауффенберга не было времени, чтобы на этом зацикливаться. Армия нужна была повсюду. В феврале 1941 года Экспедиционный корпус Роммеля был отправлен в Северную Африку. В апреле надо было прийти на помощь итальянскому союзнику, испытывавшему большие трудности в неосторожно развязанной войне против Греции и Югославии. Сколько сил было раздроблено, сколько времени потеря но для подготовки войны на востоке. Но что было делать, так решил Гитлер. 22 июня 1941 года без объявления войны он начал операцию «Барбаросса». Сто пятьдесят немецких дивизий, включая семнадцать танковых, сорок дивизий союзников — венгерских, финских и румынских — вторглись в русские просторы.
Поначалу казалось, что немецкие войска смогут повторить свой подвиг, как на французском фронте. Целью операции были: на севере — захват Ленинграда, в центре — взятие Москвы, на юге — овладение Украиной. В течение нескольких недель Ленинград был окружен, Минск и Смоленск захвачены, войска приблизились вплотную к Москве, Киев и Харьков пали. Немецкие дивизии захватили Донецкий бассейн и вышли к Азовскому морю, совершив прорыв более чем на 1000 километров от границы. 800 000 русских солдат попали в плен. Успехи были огромными, но не решающими. При более тщательном анализе обстановки можно было увидеть, что ситуация немцев была даже опасной. Гитлер не желал принимать во внимание ни оправдания задержки выполнения плана операции, ни опасности распыления сил по разным направлениям. Когда в июле генерал фон Паулюс поднял вопрос о трудностях с тыловым обеспечением войск, особенно при условии продолжения боевых действий, фюрер запретил говорить ему о «зимней кампании» и даже запретил к ней готовиться. Война должна была закончиться осенью. Это должно было произойти только потому, что такова была его воля. Все, кто ему возражал, были трусами. Так начался медленный процесс потери им связи с реальностью, который постепенно лишал его возможности проводить мало-мальски объективный анализ обстановки и заставлял с презрением относиться к очевидным фактам.