К бойцам, дезертировавшим по малодушию, неразумению, желанию увидеться с родными, они проявляли снисхождение. 7 марта 1920 г. Реввоентрибунал Республики направил инструкцию революционным военным трибуналам, в которой предписывалось применять высшую меру наказания — расстрел лишь при осуждении за шпионаж, измену и предательство, за невыполнение боевых приказов, восстание и вооруженное неповиновение войсковых частей, бандитизм, мародерство, дезертирство из боевой линии.
За семь месяцев 1919 г. было осуждено 95 тыс. злостных дезертиров, из которых больше половины направлено в штрафные части, а 600 человек расстреляны. В 1920 г. всеми реввоентрибуналами были рассмотрены в судебных заседаниях дела на 106 966 человек, из которых 17 500 человек (16,4 %) оправдано, к 24 334 (22,8 %) применено условное осуждение, 31 275 человек (28,3 %) приговорены к лишению свободы, 15 380 (14,4 %) направлены в штрафные роты и концлагеря, 368 (0,4 %) объявлены вне закона, 5757 (5,4 %) приговорены к расстрелу, и в отношении 12 352 человек (11,5 %) применены другие меры наказания.
Штрафные подразделения и части в годы Гражданской войны создавались не только в войсках, участвовавших непосредственно в боевых действиях. Они широко использовались в качестве рабочей силы. Например, в телеграмме № 1747 реввоенсовету Западного фронта от 1 июня 1919 г. Л.Д. Троцкий писал: «Для инженерного строительства должно широко использовать штрафные рабочие команды из числа пойманных дезертиров. Одной из важнейших задач Запфронта считаю хорошую постановку борьбы с дезертирством, организацию хороших трибуналов. Предложите военкомзап в подведомственных ему губерниях передавать осужденных дезертиров в виде рабочих команд в распоряжение фронта».
Позднее практика создания штрафных подразделений и частей была применена в трудовых армиях, которые стали формироваться в начале 1920 г. Первая трудовая армия была создана по инициативе реввоенсовета 3-й армии (командующий М.С. Матиясевич, член РВС П.И. Раевский) Восточного фронта. Эта идея получила одобрение со стороны председателя Совнаркома РСФСР В.И. Ленина. В свою очередь, Политбюро ЦК РКП (б), обсудив на своем заседании 17 и 18 января вопрос о введении трудовой повинности, поддержало решение Совета Обороны о формировании Кубано-Гроз-ненской, Украинской, Казанской и Петроградской трудовых армий.
Один из горячих сторонников введения трудовой повинности, Л.Д. Троцкий подготовил 22 января тезисы ЦК РКП (б) «О мобилизации индустриального пролетариата, трудовой повинности, милитаризации хозяйства и применении воинских частей для хозяйственных нужд». В тезисах отмечалось:
«…Д. Трудармии
28. В качестве одной из переходных форм к проведению всеобщей трудовой повинности и к самому широкому применению обобществленного труда должны быть использованы для трудовых целей освобождающиеся от боевых задач воинские части, вплоть до крупных армейских соединений. Таков смысл превращения 3-й армии в Первую Армию Труда и перенесения этого опыта на другие армии».
Однако переход к принудительному труду не встретил одобрения среди населения Советской России. Кроме того, на местах командование не всегда проявляло необходимую настойчивость в использовании красноармейцев на трудовом фронте. Вот что писал Л.Д. Троцкий, являвшийся председателем реввоенсовета 1-й трудовой армии, в своем приказе № 194 от 24 февраля 1920 г.: