Так, в 1ВА приказом от 18 августа генерала С.А. Худякова формировались три штрафные эскадрильи – при 232-й шад, 202-й иад и 204-й бад. Столько же эскадрилий приказом от 18 августа решил развернуть и командующий ЗВА генерал М.М. Громов – при 209-й иад, 264-й шад и 211-й бад. Командующий 8ВА генерал Т.Т. Хрюкин поначалу приказом от 8 августа начал создавать пять штрафных эскадрилий – при 220-й иад, 268-й иад, 228-й шад, 270-й бад и 271-й нбад, но затем 6 сентября сократил число эскадрилий до трех – при 268-й иад, 206-й шад и 272-й нбад.
В тыловых военных округах имели место аналогичные процессы. Приказом от 27 августа командующий ВВС КА генерал Новиков потребовал «в целях поднятия дисциплины» во всех военных авиационных училищах «выделить из состава обучающихся летчиков, штурманов, стрелков-радистов морально разложившихся, недисциплинированных», откомандировать их в штрафные части и в дальнейшем практиковать указанные меры.
Отметим, что директива все же не давала четкие и ясные ответы на вопросы о принципах комплектования штрафных эскадрилий, положение в них командного состава, порядок обеспечения матчастью, сроки пребывания штрафников в эскадрильях и т. д. В то же время штаб ВВС КА дополнительных разъяснений не давал. Пришлось на местах разрабатывать соответствующие нормативные документы.
Наиболее полные данные о действиях штрафных эскадрилий сохранились в документах частей и соединений 8ВА, которая действовала на сталинградском направлении и где сложилась наиболее тяжелая для войск Красной Армии наземная и воздушная обстановка. Именно в 8ВА было подготовлено и издано «Положение о штрафных эскадрильях». Подобного документа в других воздушных армиях обнаружить пока не удалось. Однако некоторые данные позволяют судить, что основные принципы комплектования и организации штрафных эскадрилий были примерно те же.
Штрафная эскадрилья подчинялась командиру дивизии, при которой она создавалась. В штрафные эскадрильи направлялись летчики, стрелки бомбардиры, техники и механики независимо от занимаемой должности распоряжением командира дивизии с последующим оформлением и отдачей приказом по личному составу воздушной армии. Отчисление от штрафных эскадрилий и перевод бывших штрафников в строевые части осуществлялся решением командующего воздушной армии по представлению командиров дивизий, также с отдачей приказом по личному составу армии.
Весь руководящий состав штрафной эскадрильи (командир эскадрильи, военком эскадрильи, заместитель командира эскадрильи, старший адъютант и старший техник) назначались из числа нештрафников. Остальной командный, рядовой летный и весь технический состав укомплектовывается за счет штрафников.
Причем практиковался весьма строгий подход к подбору командного состава штрафных эскадрилий. Считалось, что только лучшие воздушные бойцы и самые опытные командиры-летчики смогут успешно управлять штрафными эскадрильями и воспитывать личным примером подчиненных.
Вся боевая работа штрафников должна была тщательно учитываться командованием эскадрильи и дивизии. Эти учетные данные служили основанием для возбуждения ходатайства перед командованием воздушной армии об отчислении от штрафной эскадрильи и перевода в строевые части.
Естественно, командование дивизий обязывалось ставить «личному составу штрафных эскадрилий боевые задачи на наиболее трудных участках». При этом выполнение поставленной задачи определялось следующим образом: «для истребителей числом уничтоженных самолетов противника или поражением иных целей поставленных задачей, а для штурмовиков и легких бомбардировщиков фактом уничтожения живой силы и техники противника, подтвержденные дополнительно».
Весь личный состав, направляемый в штрафные эскадрильи, на все время пребывания в них лишался «права представления к правительственным наградам, денежного вознаграждения в порядке приказов НКО № 0299, 9489 и 0490, %% надбавки к содержанию за выслугу лет». Кроме того, срок пребывания в штрафной эскадрилье не засчитывался в срок, определяющий присвоение очередного воинского звания.
Вместе с тем направляемые в штрафные эскадрильи, независимо от занимаемой должности в строевой части, удовлетворялись денежным содержанием по фактически занимаемой должности в штрафной эскадрилье с учетом процентной надбавки за пребывание на фронте.
Таким образом, штрафные эскадрильи становились средством дисциплинарного (а не уголовного) наказания летчиков и техников, совершивших проступки и нарушивших воинскую дисциплину. Система наказаний за трусость, просчеты в боевых действиях и неблаговидные поступки посредством суда Военного трибунала действовала параллельно и оставалась до самого завершения войны.