Остальные боги поддержали решение Энлиля. Но мудрый Энки явился во сне к Атрахасису и посоветовал принести жертву богу дождя и грома Ададу.
Энлиль впал в страшный гнев и поклялся, что, несмотря на противодействие Энки, истребит людей до последнего человека, устроив на земле Всемирный потоп. Боги взялись помогать ему.
Не имея возможности спасти все человечество, мудрый Энки решил спасти хотя бы одного Атрахасиса и приказал ему: «Разрушь свой дом, корабль выстрой! Презри богатство, спасай душу!» Бог начертил на земле модель корабля, и Атрахасис начал строительство. Соседи помогли Атрахасису в его работе, и вскоре постройка была завершена.
Затем Энки дал Атрахасису следующие указания:
И вот небо потемнело, и сверху обрушился ливень. Атрахасис поднял на борт корабля свою семью и работников, всех зверей и птиц, которых Энки прислал к его воротам, потом закрыл все входы на корабль и замазал щели смолой.
Семь дней и ночей бушевал яростный Потоп. Когда волны схлынули, земля была опустошена.
Только корабль Атрахасиса остался на плаву. После исчезновения людей боги поняли, что остались без их подношений. Раскаявшись, они поклялись больше не прибегать к таким радикальным мерам, а численность людей решили впредь держать под контролем — с помощью болезней, тяжелых родов и детской смертности. Герою же шумеро-аккадского эпоса боги даровали бессмертие и поселили его с женой на райском острове Дильмун.
Особенностью религиозных представлений в Шумере является поклонение небесным светилам и вера в их влияние на судьбу людей. Само слово «бог» (DINGIR) пишется клинописным знаком «небо» и выступает детерминативом со значением «божественное».
Планеты, звезды и другие небесные тела ассоциировались с конкретным божеством или явлением. Так, Ан (Ану) означал небесный экватор, Энлиль (Эллиль) — северное небо, бог Энки (Эа) — южное. Бог времени Нанна (Син) отождествлялся с луной, а бог справедливости Уту (Шамаш) — с солнцем. Кровавый Марс считался воплощением бога чумы и подземного мира Нергала; Меркурий был связан с богом письменности Набу; прекрасную планету Венеру, видимую утром и вечером, назвали в честь богини любви и красоты Инанны (Иштар); покровителя воинов Нингирсу (Нинурту) соотносили с Сатурном.
Изображение бога солнца, ок. 888–855 гг. до н. э.
В шумеро-аккадской мифологии также упоминается таинственное небесное тело Нибиру (также Неберу, шум. «место пересечения, переправа, центр»). Нибиру упоминается в эпосе «Энума элиш» и ассоциируется с вавилонским богом Мардуком, установившим порядок на небе после победы над Тиамат:
Из этих текстов мы видим, что упоминания о Нибиру в месопотамских табличках отрывочны и чаще всего связаны с эпитетами бога Мардука. Что именно жители Месопотамии понимали под таинственной Нибиру, определить непросто.