В Москве в это время также хорошо понимали, что без охраны со стороны служилых людей поселениям на юге Сибири «никоторыми мерами быть не уметь» [46, с. 82; 7, с. 5]. В пограничные слободы и остроги из расположенных севернее городов постоянно высылались отряды «годовальщиков» (обычно из числа пеших казаков и стрельцов). Однако вплоть до конца XVII в. с юга Сибири продолжали поступать жалобы, что ясачных людей и пашенных крестьян «оберегать некем», шли просьбы об увеличении и укреплении гарнизонов, о сооружении новых острогов. И то, и другое делалось, но явно, недостаточно.
В такой обстановке местные власти шли на широкое привлечение к оборонным мероприятиям неверстанных, но пригодных к службе детей служилых, посадского и крестьянского населения, причем не только в качестве подсобной рабочей силы при ратных людях (например, пушкарях), но и наравне с ними. В слободах и острогах в «сполошное время» вооружали боеспособных жителей, возлагали на них сторожевую службу, посылали в «отъезжие караулы». Доведенные до отчаяния набегами крестьяне нередко сами рвались в дальние походы вместе со служилыми людьми и жестоко мстили врагам за разорение своих хозяйств и смерть близких [18, т. 4, с. 68; 149, с. 246; 147, с. 174; 12, с. 57; 57, с. 46].
Специфический военный быт был характерен практически для всех районов Южной Сибири. Уездные жители там в любой момент должны были быть готовы оставить свои дома и пашни, с тем чтобы перебраться под защиту крепостных стен. К концу XVII в. оборонительные сооружения предписывалось создавать уже не только при крупных поселениях, но и во всех слободах и деревнях, стоявших «на опасных местах», а все крестьяне в них должны были иметь ружья и копья. На полевые работы, заготовку дров и т. п. предписывалось выезжать лишь большими партиями, с оружием или под вооруженной охраной. Строгие меры предосторожности предпринимались как русскими переселенцами, так и ясачными людьми: «А как де они пахоту свою жнут, и у них де караул живет безпрестани, а бес караулу де им хлеба своего жать не уметь». Чтобы укрыться от неожиданных налетов кочевников в «деловую пору» (а это у них было излюбленое время для нападений), на полях сооружались временные острожки или специальные бревенчатые «клетки», при деревнях — сторожевые башни и надолбы; в ограде из надолб нередко пасли скот [88, т. 2, с. 468; 149, с. 245; 12, с. 53, 88; 151, с. 73].
Бороться с набегами кочевников было неимоверно трудно. На лесостепной границе русские имели дело с очень подвижным, многочисленным, хорошо вооруженным и коварным противником. Степняки обычно наносили главный удар по мирному населению, стремились избегать столкновений с крупными отрядами ратных людей в чаще всего успевали благополучно уйти с добычей до того, как для отражения набега или преследования собиралось необходимое количество служилых. Мир с кочевыми феодалами никогда не бывал прочным. Соглашения постоянно нарушались если не крупными, то мелкими князцами, стремившимися не упускать возможностей для грабежа. Кроме того, заключив мир с воеводой одного русского города, жившие в условиях феодальной раздробленности степняки в соответствии с принятыми в их среде нормами считали себя свободными от каких-либо обязательств в отношении других русских городов [18, т. 3, ч. 2, с. 202]. Борьба, таким образом, шла изнурительная и фактически непрерывная. Главным следствием ее было то, что русская земледельческая колонизация до конца XVII в., по сути дела, лишь «скользила» по плодородным лесостепным районам Сибири, а сооружение городов и острогов на крайнем юге этой зоны преследовало не столько хозяйственные, сколько чисто оборонительные цели — сковать действия кочевников, не дать им возможности безнаказанно разорять расположенные севернее земли. Основной защитой русских селений и ясачных волостей служила цепь небольших острожков; в систему обороны включались также слободы и монастыри [111, с 49–50; 72, с. 167; 151, с. 73]. Для своевременного оповещения о набегах организовывалась сторожевая и станичная служба, охватывавшая пространство между укрепленными пунктами и перед ними. Главным же способом борьбы с кочевыми феодалами с самого ее начала стали походы в степь объединенных сил одного или нескольких городов. Удары по вражеским кочевьям наносились в течение всего XVII столетия; военные действия в степи не всегда были удачными для русских (ратные люди нередко терпели жестокие поражения), но неизменно рассматривались сибирскими воеводами как необходимое условие предотвращения набегов [143, стб. 100, л, 69; 18, т. 3, ч. 2, с. 203–205].