Герцль снова стал президентом Сионистской организации, но на сей раз три делегата проголосовали против его кандидатуры — случай небывалый: до сих пор на всех конгрессах его избирали единогласно.
Следует отметить, что именно Шестой конгресс, вошедший в историю сионизма под названием «Угандийского», постановил по итогам доклада Оппенгеймера о поселении основать комиссию по изучению Эрец-Исраэль и условий развертывания в ней поселенческой деятельности. Возможно, это был примирительный жест по отношению к оппозиционерам, но, так или иначе, он стал практическим шагом в направлении строительства Страны, даже и без всякого «чартера»… Приняли также изменение в организационном уставе, согласно которому один делегат на конгресс избирался от каждых двухсот платящих членские взносы, а не от каждых ста, как ранее.
В своем заключительном слове — ставшем его последней речью на последнем конгрессе с его участием — Герцль сказал, что конгресс был трудным, но великим. Великим не только по количеству делегатов, равного которому не знали предыдущие конгрессы, но и по характеру работы. Упоминая о бушевавших тут яростных и тяжких спорах, Герцль заметил: «Мы убедились, что на сионистов можно полагаться и что верен афоризм, гласящий, что опереться можно лишь на предмет, оказывающий сопротивление».
Дабы рассеять опасения, возникшие у значительной части делегатов в результате полемики об Уганде, Герцль счел необходимым успокоить их и произнес традиционную клятву: «Если забуду тебя, Иерусалим, пусть отсохнет моя десница!» И поднял правую руку в подтверждение этих слов. Тем не менее конгресс завершился в напряженной атмосфере.
3 мая 1904 года газета «Ди Вельт» опубликовала короткое извещение: «По настоянию врача д-р Герцль уходит в продолжительный отпуск и в течение этого времени свои обязанности исполнять не будет. Просьба не обращаться к д-ру Герцлю письменно, а по всем вопросам — в Исполнительный комитет».
Состояние Герцля со дня на день ухудшалось, и все попытки врачей спасти его оказались бесплодными. Герцль скончался 3 июля 1904 года в возрасте сорока четырех лет. Хотя в сионистском движении было известно, что у Герцля не все благополучно со здоровьем, однако только близкие друзья знали, насколько его состояние серьезно. Поэтому весть о его смерти обрушилась, как гром среди ясного неба. Когда распространилось известие, что вождя сионизма не стало, скорбь и мрак опустились на еврейскую улицу в России. Массы людей собирались в синагогах, участвовали в траурных митингах, и печать, даже антисионистская, посвятила оценке личности и подвига покойного лидера многочисленные статьи.
Вышедший после смерти Герцля июльский (по новому стилю) номер ежемесячника «Еврейская жизнь» открывался некрологом, написанным Ю. Бруцкусом.
«Умер величайший и преданнейший сын еврейского народа, — писал Бруцкус, — погиб безвременно, в расцвете жизни и разгаре работы. Чуткое сердце его захотело объять все еврейское горе, залить его своею кровью; оно долго и славно боролось, но теперь не выдержало и разбилось — герой погиб на полпути…
Велико несчастье еврейского народа. Мы притерпелись уже к бедствиям. Наши слезы иссякли, голос подавлен от мук. И мы встретили тяжелую весть не воплями и слезами, а грустным молчанием. Печаль наша слишком велика, чтобы вылиться в словах, удар слишком силен, чтобы оценить его. Еще одну горькую чашу страдания пришлось нам испить. Несчастлив тот герой, который не увидел обетованной цели, несчастлив тот народ, который на полпути теряет своего вождя. Но он умер с верою в усталом сердце и словами любви к Сиону на устах. Он завещал нам идти все вперед и нести его наследие по указанному пути к великой цели. Его сердце разбилось, но дело его живо…».
Большую статью о Герцле поместил в том же номере журнала Жаботинский. «… Когда будет подведен итог его подвига, книжники наши должны будут устроить большой пересмотр учению о том, что не личности делают историю.