В итоге процесса одних обвиняемых оправдали, других приговорили к незначительным срокам заключения — от десяти дней до полугода. Большинство осужденных были евреи, большинство оправданных — христиане. Однако сам факт, что суд не счел возможным подвергнуть участников самообороны более строгому наказанию, даже вопреки фальсифицированному материалу, который власти сфабриковали и представили на процесс, — сам этот факт явился пощечиной «победителям». Хотя в нравственном смысле на скамье подсудимых оказались не участники самообороны и даже не погромщики, а царское правительство в лице своего судебно-административного аппарата, председатель суда Котляревский после процесса получил орден. Это известие подавалось без комментариев, которые, и в самом деле, были совершенно излишни.
Еврейская община в Гомеле поставила на могиле убитых участников самообороны памятник с эпитафией, сочиненной известным общественным деятелем и сионистом, тоже гомельцем, писателем Мордехаем Бен-Хиллелем Хакоэном.
Эпитафия в стиле псалма иносказательно намекала на погром и отпор, оказанный самообороной. Местные власти делали все, чтобы помешать установке памятника, но гомельской общине удалось, в конце концов, обойти все препятствия, по поводу чего автор эпитафии пишет: «Тут нам тоже пришлось очень долго мыкаться и обивать пороги полиции, которая злонамеренно отнеслась и к установке памятника».
Если во времена Александра III правительство еще маскировало свои истинные намерения, утверждая, что антиеврейские бесчинства есть следствие экономической эксплуатации евреями русского народа, то правительство Николая II уже прямо заявляло, что погромы — это ответ на революционную деятельность евреев: дескать, еврейская молодежь подстрекает против правительства, активно участвует в революционном движении, и русский народ этого не потерпит.
В погромах виновны, таким образом, сами евреи, и если они хотят избежать расправ, пускай обуздывают свою молодежь. В таком духе выступил могилевский губернатор, приехавший в Гомель после погрома и пригласивший представителей еврейской общины выслушать его наставления. Нет сомнений, что губернатор при этом черпал свое вдохновение из более высокого источника, так как те же самые слова сказал и Плеве вызванной к нему делегации еврейских старейшин.
Гомельский погром имеет прямую связь с историей нового ишува в Палестине: гомельская группа, состоявшая из участников самообороны, принадлежавших к кругам Поалей Цион, в 1904 году открыла Вторую алию в Эрец-Исраэль.
Зимою 1904 года разразилась русско-японская война. В июле того же года министр внутренних дел Плеве был убит эсером Игорем Сазоновым и портфель министра получил князь Святополк-Мирский, известный своими либеральными взглядами. Но и он не был свободен от предрассудков в отношении евреев. В беседе с корреспондентами одной французской газеты, отвечая на вопрос о своем отношении к евреям, министр сказал: «Я евреям не враг; но если бы мы предоставили им полную свободу, как нашим православным гражданам, евреи очень быстро приобрели бы слишком большой вес. Во всяком случае, я решил относиться к евреям со всей возможной симпатией и улучшить положение самых нуждающихся из них. Добротою и щедростью можно много добиться».
Издававшийся на русском языке еврейский еженедельник «Восход» выразил надежду, что новый министр приложит усилия для улучшения положения евреев. Но надежды не сбылись — вполне возможно, что не из-за злой воли самого министра. В конце лета 1904 года антиеврейские бесчинства вспыхнули в местечке Смела, Киевской губернии и в Ровно, на Волыни. Журнал «Восход» по этому поводу писал: «Опять погромы. Опять озверелая толпа крестьян и рабочих, полуинтеллигентов и интеллигентов глумится над евреями. Опять с криками «бей жидов» разгромляются сотни еврейских домов и лавок, расхищается еврейское добро, и сотни еврейских семейств пускаются по миру».
Вслед за двумя этими погромами прокатилась волна бесчинств, творимых мобилизованными в армию. Перед уходом на фронт они избивали и грабили еврейское население, вымещая свою злобу на жителях-евреях, у которых родные и близкие тоже тысячами сражались на фронте. Власти смотрели на это сквозь пальцы, дабы не раздражать «защитников отечества», и погромщики орудовали почти безнаказанно.
Буйства мобилизованных происходили в Александрии, Херсонской губернии, в Могилеве на Днепре и в целом ряде городов и местечек Витебской и Могилевской губерний. Еврейская общественность не питала подозрений к Святополк-Мирскому и не относила погромы на его счет.
Полагали, что он бессилен совладать с бесчинствами, поддерживаемыми в общественном порядке антисемитскими газетами и реакционными кругами. Уже в самом начале войны антисемитская печать развернула разнузданную кампанию против евреев, указывая на них как на главных виновников национального бедствия, постигшего Россию.