Военные действия между Литвой и Московским государством продолжались и в 1501-1502 годах. В начале 1503 г. начались мирные переговоры. Однако как литовские, так и московские послы выдвинули заведомо неприемлемые условия мира; в результате компромисса было решено подписать не мирный договор, а перемирие сроком на 6 лет. Согласно ему, во владении Российского государства оставались (формально – на срок перемирия) 19 городов с волостями, составлявшие до войны около трети земель Великого княжества Литовского; так, в частности, в состав русского государства вошли: Чернигов, Новгород-Северский, Стародуб, Гомель, Брянск, Торопец, Мценск, Дорогобуж. Перемирие, известное под названием Благовещенского (по празднику Благовещения), было подписано 25 марта 1503 года.
Реформы государственного устройства.
На протяжении 150 лет Москва в Русском улусе совмещала в себе две функции: была административным центром удельного Московского княжества и, одновременно, резиденцией Великого князя, главы всего Русского улуса. Будучи бессменной резиденцией главы Русского государства, Москва на протяжении полутора столетий использовала для своего развития и часть общерусской дани. Это создавало Московскому удельному княжеству выгодные, по отношению к другим княжествам, условия для развития и роста. И Москва этим преимуществом широко пользовалась. Она непрерывно расширяла свое удельное княжество, поглощая княжества более слабые. К тому времени, когда Русский улус освободился от ордынского владычества, добрую половину его территории составляло княжество Московское, имеющее унитарную систему власти. Но на территории бывшего улуса оставались и удельные княжества, которые строили свои отношения с Москвой на федеративных началах. Это вносило определенные сложности в проблему управляемости страны, и, конечно, великому князю хотелось, чтобы вся Русь имела унитарную систему власти. И не просто хотелось. Он последовательно, настойчиво решал эту проблему.
Насильственную реформу власти Иван Третий начал еще до того, как добился полной независимости от Золотой Орды. С огнем и мечем прошел он по многим удельным княжествам, превращая их в наместничества великого Московского князя. В 1463 г. Московским наместничеством стало Ярославское княжество, а в 1472 – такая же участь постигла обширные северные земли под общим названием Пермь. Это та самая страна Биармия, первый, известный нашим историкам, очаг государственности на Севере Восточной Европы. Затем, в 1474 г. наместничеством стало Ростовское княжество. Ростов Великий, первая столица Северо-Восточной Руси, стал одним из многочисленных городов Московского княжества. В 1478 г. под напором Москвы сдался гордый республиканский Новгород. Поводом к разгрому Новгорода была попытка новгородцев выйти из-под контроля великого князя Руси.
В 1470 г. Новгород призвал на княжение киевского княжича Михаила Олельковича. Это означало разрыв Новгорода с Русью и переподчинение его Литве. И это при живом московском князе на Новгородском престоле, Иване Третьем! Гнев московского князя был безмерным. Он долго готовил и лично возглавил карательный поход на Новгород. После этого похода Новгородская республика перестала существовать. Тысячи людей были выселены из нее вглубь России, все органы самоуправления ликвидированы, Новгородская земля была включена в состав Московского княжества на унитарных началах.
В 1481 г., после смерти бездетного брата Ивана III, удельного вологодского князя Андрея Меньшого, его удел был переведен под управление наместником великого князя. Четвертого апреля 1482 г. верейский князь Михаил Андреевич заключил с Иваном договор, согласно которому после его смерти наместничеством великого князя становилось Белоозеро. Четвертого июня 1485 г., после смерти матери великого князя, княгини Марии (в иночестве Марфы), ее удел, в том числе половина Ростова, тоже стал наместничеством.
Серьезной проблемой оставались отношения с Тверью. Зажатое между Москвой и Литвой, тверское княжество переживало не лучшие времена. С 60-х годов XV века начинается переход тверской знати на московскую службу. Не улучшали отношений и многочисленные земельные споры москвичей-вотчинников, владевших землей в Тверском княжестве, и тверичей. В 1483 г. вражда перешла в вооруженное противостояние. Формальным поводом к нему стала попытка тверского князя Михаила укрепить свои связи с Литвой посредством династического брака и союзного договора. Москва отреагировала на это разрывом отношений и посылкой войск в тверские земли; тверской князь признал свое поражение и в октябре-декабре 1484 г. заключил с Иваном III мирный договор.