Хотя Юрия Хмельницкого и выбрали единогласно на полной раде, но немало сторонников имелось и у его дяди Сомка, а также и у Беспалого, который своей борьбой с Выговским доказал верность Москве. Честолюбивые замыслы продолжал вынашивать и энергичный Тимофей Цецура, рассчитывавший на благодарность Москвы за то, что возвратил Левобережье под царскую руку. Отказ Трубецкого рассмотреть на раде 14 статей, выработанных в Расаве и согласие вновь избранного гетмана с новой редакцией Переяславского договора 1654 года, также не добавили ему популярности, особенно у старшины. В принципе, это недовольство было обоснованным: прояви Юрий Хмельницкий больше характера и настойчивости, расавские статьи могли быть (полностью или частично) приняты. Для этого просто не следовало идти на уступки Трубецкому, а отправить посольство непосредственно в Москву. Под угрозой новой смуты, Алексей Михайлович вполне мог пойти на уступки Хмельницкому, так же, как полгода назад готов был заключить договор с Выговским на условиях гадячского трактата. Но восемнадцатилетний юноша не сумел проявить характер и, по-видимому, Трубецкой просто воспользовался его неопытностью в государственных делах, а также и тем, что наиболее ярые ревнители казацких прав и вольностей: Богун, Гоголь, Ханенко, Зеленский не участвовали в Переяславской раде.
Эти просчеты с которых началось его гетманство не могли не отразиться на положении Юрия в казацкой среде, если учесть, что к тому же он начисто был лишен полководческого дара и государственного ума своего отца.
Но если ситуация в Малороссии даже после избрания нового гетмана обеих сторон Днепра, была достаточно сложной, то не лучшим образом обстояли дела и в Московском государстве. И для самого царя и для его окружения стало, наконец, понятным то, о чем два года назад предупреждал еще покойный Хмельницкий: они оказались обманутыми поляками. В то время, когда Польшу можно было стереть с лица земли и забыть о ее существовании, Москва, наоборот, подала ей руку помощи, объявив войну Швеции. Война эта не вызывалась какой-либо объективной необходимостью, а велась лишь из-за того, что Алексею Михайловичу был обещан польский трон. Более того, царь помешал и Ракочи укрепиться на польском престоле и крепко обидел Войско Запорожское, отказав послам Богдана Хмельницкого участвовать в выработке условий мирного договора с Польшей. Несмотря на всю проявленную осторожность, Москва не вняла предупреждению Пушкаря и запорожцев о тяготении Выговского к полякам и Крыму, сделав ставку на гетмана-изменника, что и привело впоследствии к драматическим событиям в Малороссии.
После гадячского трактата просчеты царского правительства становились особенно заметными на фоне деятельности его воевод Трубецкого, Ромодановского и других, из-за просчетов или нерешительности которых, Малороссия едва вообще не вышла из московского подданства. Из всех военачальников, отправленных царем в Малороссию, один Шереметев пока что действовал активно и успешно. Он не только отразил все попытки Выговского овладеть Киевом, но в конце года выступил против Анджея Потоцкого и нанес ему серьезное поражение, захватив обоз.
По мнению царского окружения, новые условия переяславского договора должны были в какой-то мере изменить ситуацию в Малороссии и дать возможность сосредоточиться на решении задач по заключению мирного договора со шведами. В этом вопросе Карл Х, уже вступивший в переговоры о мире с Польшей, легко пошел навстречу Москве, так как воевал еще и с Данией, а к Московскому государству у него никаких претензий не было.
Однако, хотя переговоры со Швецией проходили в целом успешно, они явно запоздали. Постепенно поднимающаяся из руин после трех перенесенных ею войн, Речь Посполитая набирала новые силы и отнюдь не собиралась мириться с тем, что Малороссия возвратилась в московское подданство.
Если на дипломатическом поприще полякам в последние годы и удалось достичь серьезных успехов, заставив царя поверить в реальность его избрания королем Речи Посполитой, то все же на театре военных действий преимущество сохранялось на стороне Москвы. За четыре года войны московские воеводы фактически заняли всю Литву и большую часть Белоруссии. Несмотря на измену Выговского, удалось удержать за собой и Малороссию. В начале 1660 года воевода князь Иван Хованский взял крепость Брест, а стольник Семен Змеев нанес поражение полякам под Слуцком. Однако, с этого времени военное счастье изменило Москве и инициатива постепенно стала переходить к польско-литовской стороне.