Церковной же общественностью, в особенности русским монашеством, книга инока Парфения была принята с большой радостью и с благодарностью к ее автору и издателям.
Вся дальнейшая жизнь отца Парфения была тесно связана со святителем Филаретом. Первое заочное их знакомство произошло еще в 1851 году, когда отец Парфений написал московскому митрополиту свое первое письмо с просьбой получить благословение и одобрение церковных властей на новое назначение. Дело в том, что в Бухарии и Кульдже, на окраине Китая, проживало в то время более двухсот русских семей – потомки пленных, сохранивших христианскую веру. Они имели церковные книги, но не имели ни храма, ни священника и не были крещены. Обо всем этом отец Парфений сообщил митрополиту Филарету и высказал свое желание посвятить оставшиеся дни жизни делу миссионерства. Владыка положительно и живо откликнулся на это доброе намерение, но, к сожалению их обоих, путешествию не суждено было осуществиться.
В 1854 году отец Парфений написал прошение митрополиту Филарету о принятии его в Гефсиманский скит, где в то время уже подвизались его бывшие сподвижники из Молдавии. Митрополит Филарет написал наместнику Свято-Троицкой Сергиевой Лавры архимандриту Антонию (Медведеву) и обер-прокурору Святейшего синода, после чего последовало положительное решение. После зачисления в насельники Гефсиманского скита отец Парфений практически нес послушание на Троицком Сухаревском подворье Лавры по вразумлению раскольников и обращению их к Православной Церкви. В январе 1855 года митрополит Филарет рукоположил его сначала во иеродиакона, а затем во иеромонаха.
В 1855 году отец Парфений был переведен в Николаевскую Берлюковскую пустынь, где с 1856 по 1860 год был строителем. При нем владыка Филарет освятил храм в честь Казанской иконы Божией Матери. Но уже в 1858 году был утвержден проект учреждения нового по своему значению Спасо-Преображенского Гуслицкого монастыря. На отца Парфения была возложена нелегкая миссия – возглавить эту обитель и понести все труды по ее становлению. Монастырь должен был послужить обращению и окормлению староверов. Владыка Филарет вместе с наместником Троице-Сергиевой Лавры архимандритом Антонием, имевшим большой опыт воспитания новоначальных иноков, принимал самое активное участие в этом важном деле.