Заботясь о сохранении народного здравия и нравственности, Иоанн строго следил также, чтобы к нам не заносились заразные болезни, и все приезжающие из-за границы подвергались тщательному надзору. Это было важной заботой и последующих московских государей.
От времен Иоанна III до нас дошла древнейшая переписная, или писцовая, окладная книга; в книгах этих подробно описывались пригороды, волости, погосты и села с указанием количества земли, принадлежащей каждому владетелю, с целью ее обложения податью в пользу великого князя. Земля для этого обложения делилась на сохи, причем величина сохи менялась от качества земли: так, соха доброй земли определялась величиной ее, потребной для посева 800 четвертей, средней – 1000 четвертей, а худой – 1200 четвертей. После покорения Новгорода Иоанн установил там размер подати до полугривны с сохи, что, вероятно, соответствовало размеру земельной подати и в других частях государства. Посад ские и слободские люди платили подати в зависимости от величины и степени зажиточности их дворов. Наконец, были обложены податью, или тамгою, и всякого рода товары.
Крестьяне при Иоанне III оставались по-прежнему свободными, но было точно и окончательно установлено, что переходы от одного владельца к другому могли происходить только один раз в году, именно за неделю до Юрьева дня и неделю спустя его.
Определение это вошло в так называемый Судебник Иоанна III, или Судный устав, составленный в 1497 году дьяконом Гусевым. В начале Судебника говорится: «Посулов (взяток) боярам и окольничим и дьякам от суда не брать и судом не мстить и не дружить никому». Судебник Иоанна III значительно отличается от Русской Правды Ярослава Мудрого: месть и самоуправство не допускаются, но наказания гораздо суровее, чем по Русской Правде. Смертная казнь и торговая (битье кнутом) полагались по Судебнику за многие преступления: за второе воровство, разбой, убийство, душегубство и разные другие лихие дела, причем по-старому оставлено как судебное доказательство «поле», или «судебный поединок», а также введены пытки. Введение в Судебник смертной казни и разного рода пыток явилось всецело заимствованием из Западной Европы. Сравнивая Судебник Иоанна с Судебником Казимира Польского 1468 года, мы встречаем в последнем виселицу и пытки, причем виселица полагалась уже за первое воровство свыше полтины, а по Магдебургскому праву, данному литовским великим князем западнорусским городам Полоцку, Минску и Смоленску, употреблялись постоянно как наказание отсечение головы, посажение на кол и потопление.
Важным преимуществом русского законодательства перед западноевропейским было то обстоятельство, что у нас перед уголовным законом были все безусловно совершенно равны. Так, в 1491 году по приговору суда всенародно секли кнутом князя Ухтомского, дворянина Хомутова и бывшего архимандрита Чудовского монастыря за составление подложной грамоты, сочиненной ими, чтобы получить в собственность чужую землю.
Сурово наказывал Иоанн Васильевич и приезжих иностранных мастеров, если они этого заслуживали. Мы говорили, что сын великого князя Иван Молодой умер в 1490 году, разболевшись ломотой в ногах. Его взялся лечить приехавший из Венеции жидовин Мистро Леон, объявивший великому князю: «Я вылечу сына твоего, а не вылечу – вели казнить смертной казнью». Иоанн согласился на это условие и позволил лечить сына. Жидовин стал давать ему вовнутрь зелье и жег ноги стеклянными сосудами, причем лечил так усердно, что Иван Молодой сперва слег, а затем и умер. Похоронив его, великий князь во исполнение условия приказал отрубить голову Мистро Леону, как минуло 40 дней по смерти сына. Другой врач, немец Антон, которого Иоанн держал в большой чести, лечил служилого татарского князя Каракучу и уморил его смертным зельем «на посмех», как говорит летописец; за это Иоанн выдал лекаря Антона сыну Каракучи, и он был зарезан татарами на Москве-реке. Меры эти, конечно, поражают нас своею крайней суровостью; но не надо забывать, что в XV и XVI веках среди иноземных лекарей было множество самых отъявленных шарлатанов.
Заботясь о привлечении в свое государство сведущих мастеров-иноземцев, великий князь отлично понимал при этом, что если восточные пришельцы – монголы завоевали Русскую землю силою, то пришельцы с запада будут стараться завладеть ею хитростью, и потому зорко следил за всеми ними. Первым попался услужливый монетчик Иван Фрязин, через которого велись переговоры о сватовстве Софии Фоминичны. Он взялся доставить венецианского посла Тревизана к хану Золотой Орды Ахмату через московские владения и выдал его за своего родственника-купца. Когда обман открылся, то великий князь приказал посадить Тревизана в тюрьму, откуда он был выпущен только после усиленных просьб управителя Венеции, а Иван Фрязин был взят под стражу перед самым въездом Софии Фоминичны в Москву, затем закован в железо и заточен.