По прибытии в Ярославль Пожарский и Минин вместе с бывшими с ним воеводами тотчас же получили Троицкую грамоту, в которой Дионисий и старцы уведомляли о новом воровстве казаков под Москвой: «по злому воровскому казачью заводу затеяли под Москвой в полкех крестное целование, целовали крест вору, которой во Пскове называется царем Дмитреем», причем в грамоте добавлялось, очевидно, чтобы смягчить вину Трубецкого, большого благоприятеля Авраамия Палицына, что «боярина князя Дмитрея Тимофеевича Трубецкого и дворян и детей боярских и стрелцов и Московских жилецких людей привели ко кресту неволею, такоже целовали крест, по их воровскому заводу, бояся от них смертного убивства; да и нам то ведомо, боярин князь Дмитрей Тимофеевич и дворяне и дети боярские целовали неволею, и нынче, он, князь Дмитрей, у тех воровских заводцов живет в великом утеснении, а радеет соединенья с вами».
Вместе с тем троицкие власти сообщали скорбную новость о кончине «твердаго адаманта и непоколебимого столпа», патриарха Гермогена. Летописец рассказывает, что поляки и московские изменники, услышав о сборе нижегородского ополчения, отправились в заточение к патриарху и потребовали, чтобы он послал грамоту о его роспуске. «Он же, новой великий государь исповедник, рече им: «Да будет те благословени, которые идут на очищение Московского государства; а вы, окаянные московские изменники, будете прокляты». И оттоле начаша морити его гладом и умориша ево гладною смертию и предаст свою праведную душу в руне Божи в лето 7120 (1612) году, месяца февраля в 17 день, и погребен бысть на Москве в монастыре чюда архистратига Михаила». По одному же польскому известию, великий святитель земли Русской был удушен.
Получив известия о событиях под Москвой, Пожарский и состоявший при нем земский совет разослали 7 апреля грамоты «о всеобщем ополчении городов на защиту Отечества, о беззаконной присяге князя Трубецкого, Заруцкого и казаков новому самозванцу и о скорейшей присылке выборных людей в Ярославль для Земского совета и денежной казны на жалованье ратным людям». В грамоте этой сообщалось между прочим, что «старые же заводчики великому злу, атаманы и казаки, которые служили в Тушине лжеименитому царю, умысля своим воровством с их началником, с Иваном Заруцким… Прокофья Ляпунова убили и учали совершати вся злая по своему казацкому воровскому обычаю… Да и из-под Москвы князь Дмитрей Трубецкой да Иван Заруцкой, и атаманы и казаки к нам и по всем городом писали, за своими руками, что они целовали крест на том, что им без совету всей земли государя не выбирати, а вору, который ныне в Пскове, и Марине и сыну ее не служити; ныне же, позабыв свое крестное целование, целовали крест вору Сидорку, имянуя его бывшим своим царем… Как сатана омрачи очи их! При них Колужской их царь убит и безглавен лежал всем на видение шесть недель, и о том они из Колуги к Москве и по всем городом писали, что их царь убит, и про то всем православным христьяном ведомо. И ныне, господа, мы все православные християне общим советом, сослався со всею землею, обет Богу и души свои дали на том, что нам их воровскому царю Сидорку, и Марине и сыну ее не служити и против врагов и разорителей веры христьянской, полских и литовских людей, стояти в крепости неподвижно. – И вам, господа, пожаловати, помня Бога и свою православную христьянскую веру, советовать со всякими людми общим советом, как бы нам в нынешнее конечное разорение быти не безгосударным; чтобы нам, по совету всего государства, выбрати общим советом государя, кого нам милосердый Бог по праведному своему человеколюбию даст… И по всемирному своему совету пожаловати б вам прислати к нам, в Ярославль, изо всяких чинов людей человека по два, и с ними совет свой отписати, за своими руками. Да отписати б, господа, вам от себя под Москву, в полки, к бояром и ко всем служивым людем, чтоб они от вора от Сидорка отстали, и с нами и со всей землею тем розни не чинили, и крови в государьстве не всчинали и были по-прежнему в соединенье, а под Москвой стояли безотступно…».
Под приведенной грамотой подписались все начальные люди. При этом, несмотря на то что Пожарский был вождем ополчения, он из скромности подписался только десятым, уступая место людям более сановитым; на пятнадцатом же месте начертано: «В выборного человека всею землею, в Козмино место Минино князь Дмитрей Пожарский руку приложил». Очевидно, великий нижегородский муж не был обучен грамоте.
Выборные люди по приглашению Пожарского и его товарищей прибыли из городов в Ярославль к лету и составили таким образом Совет всея Земли, причем высшая власть была вверена в руки синклита из князя Димитрия Михайловича и двух воевод ополчения, имевших боярское звание, В.П. Морозова и князя В.Т. Долгорукого; синклит этот назывался также «бояре и воеводы». Вместе с тем образовано было и церковное управление – Освященный собор, во главе которого был поставлен пребывавший на покое старый ростовский митрополит Кирилл. Затем были образованы и некоторые приказы.