Когда у римлян началась полоса гражданских войн между Цезарем и Помпеем, раздраем в Риме попытался воспользоваться и Фарнак. Он заключил союз с крымскими скифами, роксоланами. А когда Помпей потерпел поражение, прикинулся сторонником Цезаря. Оставил наместником в Пантикапее одного из своих вельмож, Асандра, а сам возглавил войско и начал захватывать бывшие владения отца. Овладел Фанагорией, Колхидой. Вторгся в Малую Азию, присоединил Киликию. Но Цезарь «услуг» незваного союзника не оценил и приказал Фарнаку вернуть приобретения.
Тот не подчинился, и против него был направлен Гней Домиций Кальвин с пятью легионами. Но боспорско-скифское войско в битве под Никополем разгромило римскую армию. Фарнак овладел всеми землями Понта, а вдобавок захватил Вифинию и Каппадокию. И опять предложил Цезарю мир, однако в ответ последовал новый париказ вернуть захваченное. Фарнак на словах соглашался, а на деле тянул время — в Риме продолжались междоусобицы. Вдобавок Цезарь ввязался в войну в Египте за права Клеопатры, очутился в трудном положении, и была надежда, что он оттуда не выберется. Но на выручку ему пришел еще один сын Митридата Евпатора — Митридат Пергамский со своими отрядами. Подоспели и римские войска. Цезарь в Египте сумел одержать верх. И сам двинулся на Фарнака. В 47 г. до н. э. в битве при Зеле боспорский царь был разгромлен. Именно по этому поводу Цезарь послал свое знаменитое донесение — «Пришел, увидел, победил».
На престол Понтийского царства он посадил Митридата Пергамского. Фарнак бежал в Пантикапей. Но оставленный им наместник Асандр уже распробовал вкус власти и возвращать трон царю не собирался. И тоже сделал вид, что всего лишь хочет помочь Цезарю разделаться с его врагом. Сперва Фарнак сумел было завладеть своей столицей. Но у Асандра нашлось много сторонников. И в разыгравшейся гражданской войне Фарнак погиб. Когда же ставленник Цезаря Митридат Пергамский предъявил на Боспор свои права, то и его Асандр не признал.
А поддержать его могущественный покровитель уже не смог, он был занят другими проблемами. Стало известно, что даки готовят очередное крупное вторжение. И Цезарь перебросил значительные силы против них. Но эта война не состоялась — реформы царя Биребисты оказались, видать, слишком уж крутыми для его подданных, и в 45 г. до н. э. он был убит в результате восстания. Сам же Гай Юлий Цезарь вынашивал грандиозный проект похода на Парфию. И не только на Парфию — он решил покорить и территории нынешней России. Разгромив парфян, он планировал идти на север вдоль Каспийского моря, обогнуть Кавказ и ударить на «Скифию». Потом двигаться на запад, на страны, «соседние с Германией». И вернуться домой через Галлию — как пишет Плутарх, «сомкнув круг римских владений так, чтобы со всех сторон империя граничила с Океаном». Но при подготовке похода Цезарь пал от руки заговорщиков, и Рим расколола новая череда гражданских войн.
В Причерноморье тоже закипела война. Властитель Малой Азии Митридат Пергамский попытался подчинить Боспор собственными силами. Однако скифы, роксоланы и племена Приазовья понтийцев хорошо запомнили, больше пускать их в свои края не желали и поддержали Асандра. Митридат потерпел поражение. Асандр провозгласил себя царем, а чтобы придать власти легитимность, женился на дочери Фарнака Динамис. Но и его попытка воссоздать прежнее Боспорское царство не удалась. Соседи не для того помогли Асандру, чтобы посадить его себе на шею. Едва он вздумал вернуть под свою власть Приазовье, вчерашние союзники стали врагами. Боспор завяз в безрезультатной борьбе.
Когда властитель Боспора Асандр, дабы узаконить свою власть, женился на дочке погибшего Фарнака и внучке Митридата Евпатора царевне Динамис, для нее такой прецедент легитимизации оказался большим соблазном. А она была дамой не слишком уживчивой и любвеобильной. За полвека, с 41 г. до н. э. по 7 г. н. э., Динамис сменила четверых мужей, поочередно усаживая их на царство и свергая предыдущих. На пользу государству это не пошло. Все это время Боспор не оставлял попыток вернуть под свою власть Танаис и другие бывшие владения. Предпринимались походы, экспедиции. Но приазовские племена предпочитали номинальную власть росколанских царей, а боспорцев каждый раз отражали. В этих войнах Боспор еще больше подорвал свои силы. В 7 г. Полемон, последний из мужей престарелой Динамис, погиб в войне с приазовским княжеством аспургиан. В Пантикапее его смерть подтолкнула к действиям оппозиционную группировку знати, недовольную правлением царицы. И пятого мужа ей найти не дали. Произошел переворот, Динамис свергли и убили. После нее над Боспором царствовали разные потомки Митридата Евпатора, действительные или мнимые, а царство совсем захирело.