У Плутарха сохранилось два рассказа о посещении послами македонского царя Филиппа Атея, которые демонстрируют уверенность скифского царя в своих силах и его презрение к противнику. Согласно первому из них, Атей принял македонских послов во время чистки своего коня, спросив их, делает ли Филипп то же самое. Когда же послы ответили, что нет, Атей спросил: «Как же может он идти на меня войной?» Второй рассказ сообщает об ответе Атея на какие-то ранее присланные ему угрозы македонского царя. Скифский царь написал Филиппу: «Ты владычествуешь над македонянами, привычными воевать с людьми, а я — над скифами, умеющими бороться с голодом и жаждой». После того как македоняне и скифы истощили силы во взаимных угрозах, они начали открытую войну друг с другом.
Подробностей войны Атея и Филиппа сохранилось крайне мало. Достоверно известно всего об одном сражении между скифами и македонянами, которое произошло летом 339 г. до н. э. у Дуная и было решающим. Скифское войско значительно превосходило противника своей численностью. Поэтому Филипп, опасаясь, что его войска не выдержат натиска скифов, поставил в тылу своей пехоты наиболее верных всадников. Он приказал, чтобы они не позволяли отступавшим воинам бежать из строя, а беглецов убивали. Благодаря этому приему македонский царь одержал в сражении победу
По сообщению Помпея Трога, Филипп победил скифов с помощью хитрости. Однако в чем состояла эта хитрость, историком не сообщается. Из других подробностей битвы известно о гибели в ней Атея, которому к тому времени было 90 лет. Гибель предводителя скифов в битве свидетельствует о полном разгроме скифского войска. Больше какого-либо сопротивления македонянам скифы не оказывали. Победители огнем и мечом прошлись по скифским владениям Добруджи, подвергнув их грабежу и разорению. На левый берег Дуная македоняне не переправлялись. Но захваченная ими добыча и без того была огромной. В плен было взято 20 000 женщин и детей и множество скота, а также 20 000 чистокровных лошадей. Нуждавшийся в конях для своей конницы, Филипп приказал отправить захваченные табуны скифских лошадей в Македонию. Но золота и серебра у здешних скифов совсем не оказалось, чем и была подтверждена их бедность.
Отягощенная пленными и скотом македонская армия направилась в Македонию. Окрыленный одержанной победой и уверовавший от этого в свою непобедимость еще больше, Филипп пошел не по старой дороге вдоль черноморского побережья, а двинулся напрямик через земли трибаллов. Однако трибаллы отказались пропустить через свои земли македонское войско и выставили против них свое ополчение. В произошедшем сражении Филипп был тяжело ранен, и хотя македоняне с трудом, но все же смогли пробиться в Македонию, вся добыча попала в руки варваров. Так закончился поход Филиппа против скифов.
Несмотря на неудачный исход столкновения с трибаллами, главная цель похода Филиппа II против скифов была достигнута. Скифы потерпели решительное поражение, их царь был убит, и угроза дальнейшего вмешательства скифов во фракийские дела была предотвращена. Отдельные же фракийские племена, даже несмотря на победу трибаллов над Филиппом, вряд ли могли серьезно угрожать македонскому господству на Балканах. Теперь Филипп II мог беспрепятственно обратить свои силы на юг и сосредоточить внимание на завоевании Эллады. Осенью 338 г. до н. э. македонская армия во главе с Филиппом наголову разбила объединенные силы греков в битве при Херонеи. Это сражение, в котором, по словам одного древнего историка, была «зарыта свобода греков», привело к подчинению большинства независимых до того греческих государств Македонии. С этого времени Македония на целых два столетия становится доминирующей силой на Балканах.
Поражение в войне с Македонией двояко повлияло на положение Великой Скифии. Несмотря на гибель Атея, Скифское царство не прекратило своего существования, а его военный потенциал в целом оставался еще весьма значительным. Преемникам Атея удалось сохранить единство созданной им державы и даже удержать ее в прежних границах. Сохранялась преемственность правящей скифской династии. Вместе с тем после гибели Атея скифские цари больше уже не решались продолжать активную внешнюю политику на Балканах. Имя сына Атея, правившего скифами примерно до 328 г. до н. э., нам неизвестно.
Поражение в войне с македонянами негативно сказалось и на положении скифских владений в Добрудже. Хотя после учиненного над ними Филиппом разгрома скифские поселения продолжали существовать в дельте Дуная, их силы были значительно подорваны. Кроме того, после поражения Атея геты и здесь перешли на левый берег Дуная, и в их владении оказалась Гетская пустыня — степь между Прутом и Днестром. Это отрезало скифскую Добруджу от остальной части Скифии, сделав положение остававшихся здесь скифов еще более затруднительным. Когда после убийства в 337 г. до н. э. Филиппа II племена иллирийцев, гетов и трибаллов подняли против македонян восстание, скифы Добруджи не поддержали их.