В 1866 г. Скобелев решил поступить в Николаевскую Академию Генерального штаба. Это решение было продиктовано присущей ему жаждой знаний, но немалую роль сыграли, конечно, и соображения карьеры. При поступлении подготовка его была признана блестящей, способности — отличными. Но учеба Скобелева несколько разочаровала начальство и преподавателей. По их мнению, Скобелев не был достаточно старательным и показывал знания худшие, чем мог бы, отчего он приобрел репутацию способного, но ленивого. В действительности Скобелев работал очень много, но, как это часто бывает с незаурядными людьми, тяготился учебной рутиной и имел собственное мнение о том, что ему нужно и чего не нужно. Свое свободное время он отдавал чтению и проработке интересовавших его военно-научных книг, отдавая предпочтение вопросам стратегии и ее воплощению полководцами разных стран в минувших войнах. Нередко он составлял по прочитанному записку, нечто в роде доклада, посвященного походам Наполеона или какому-нибудь событию из русской военной истории, и читал его товарищам по учебе. Такие чтения вызывали у них живой интерес и бурные дискуссии. Но начальству эта работа оставалась неизвестной, и оно по-прежнему считало, что Скобелев ничего не делает. Сложившееся о Скобелеве мнение не изменило и появление в «Военном сборнике» его первого печатного труда — статьи «О военных учреждениях Франции». Профессору военной истории А.Витмеру Скобелев признался, что хочет совсем бросить академию. Витмеру удалось его отговорить, но к учебе Скобелев оставался равнодушен. Он оживлялся и показывал свои настоящие способности, лишь когда дело касалось его любимых дисциплин. Получив учебное задание, в котором предлагалось найти способ прикрыть Аугсбург от наступления с севера, он изучил карту Баварии и пришел к выводу, что это невозможно и что единственный выход — наступление. Свой вывод он обосновывал с такой убедительностью и увлеченностью, что захватил всех присутствовавших. «Упоминаю об этом случае потому, — вспоминал Витмер в 1908 г., — что он ярко рисует, как Скобелев неохотно укладывал себя в готовые рамки, каким могучим духом инициативы он проникнут был просто по своей натуре: живой, деятельной, смелой, и как это свойство своей натуры он выказывал даже среди скучных учебных занятий».
Выпускные экзамены, проходившие летом 1868 г., Скобелев сдал довольно посредственно и лишь в своей любимой области поразил профессоров. Ему достался вопрос о Рымникском сражении. Витмер считал его неинтересным с точки зрения военного искусства, но изложение Скобелева было таким захватывающе увлекательным, что сосед Витмера по экзаменационной комиссии, толкнув его в бок, шепнул: «Это профессорская лекция», на что Витмер отвечал: «И профессора талантливого! Думаю, это не будет преувеличением, — продолжал Витмер, — если скажу, что хотя в академии я не раз слышал от офицеров прекрасные ответы на экзаменах, но такого
Вот оценки, полученные Скобелевым на выпускных экзаменах (по 12-балльной системе), извлеченные из академического архива (каждый член комиссии ставил свой балл).
Получив не лучшие оценки по ряду дисциплин, по предметам военного искусства Скобелев был в числе лучших, а по военной истории — первым во всем выпуске, не говоря уже о том, что по предметам высшего образования, характеризующим культуру выпускника, был одним из первых.
Тем не менее совокупность полученных оценок давала право на окончание академии лишь по второму разряду.
После экзаменов по теории следовали практические испытания в поле. Тут-то Скобелеву, который всегда стремился к практическому воплощению теоретических знаний, представился, наконец, случай показать, на что он способен, и одним махом исправить свои академические дела. Съемки и рекогносцировки происходили в Северо-Западном крае. Скобелеву было задано отыскать наиболее удобный путь для переправы кавалерийского отряда через Неман. Для этого требовалось произвести рекогносцировку почти всего протяжения реки. Скобелев же все отведенное ему время провел на одном пункте, не трогаясь с места. Когда явилась проверочная комиссия, в числе членов которой был профессор Г.А.Леер, Скобелев, не пускаясь в объяснения, вскочил на коня, подстегнул его плетью и, бросившись прямо с места в Неман, переплыл его в оба конца. При виде такой находчивости и решительности Леер пришел в восторг и тут же настоял на причислении Скобелева к Генеральному штабу.