«А между тем средств врачевания очень много, — добавляет владыка. — Если мы откроем Евангелие, или послание апостольское, или творения святых отцов, то увидим, что там на каждой странице даны нам рецепты. Бери, пользуйся этими средствами, врачуйся! Нет, все нам как-то недосуг, не до души, мы словно и не желаем, чтобы исцелялись наши раны.
Возлюбленные братья и сестры, если мы будем так пренебрежительно относиться к своим порокам и не радеть о духовном врачевании, то на исцеление своей души мы не можем рассчитывать. Не исцелимся мы».
Сам владыка Иоанн бо́льшую часть жизни был тяжело болен. Из-за сахарного диабета ему приходилось переносить ежедневные уколы инсулина, зачастую он по болезни даже не мог сидеть за столом и писал свои книги и проповеди в кровати.
Архимандрит Пахомий (Трегулов), настоятель Свято-Троицкого Зеленецкого монастыря, вспоминал о владыке: «Он постоянно болел. Каждый день утром и вечером — перевязки. Смотреть на его ноги было страшно, до колен они были просто синие. Для того чтобы владыка мог передвигаться, ему накладывали жесткий бинт. На ночь бинты снимали, промывали раны. И так каждый день. Я наблюдал это несколько лет. Периодически бинты натирали, образуя раны. А у него — диабет, раны подолгу не заживали. Со стороны казалось — просто от старости человек медленно идет. Какое там, каждый шаг давался с трудом. Что он претерпевал — нам неведомо. Но он все терпел и при этом любил людей».
Анна Степановна Иванова, архивариус и секретарь владыки, рассказывала о нем: «Его нельзя было увидеть праздным. Выдастся свободная минута — он или пишет, или читает. Даже когда ноги совсем отказывались служить и владыка был вынужден лежать — он завел специальную дощечку, чтобы и в таком положении можно было работать. Очень он не любил, если мы (для того, чтобы дать ему возможность отдохнуть) отключали телефон. У нас ведь не было особых часов для телефонных звонков. Кто когда хотел — тогда и звонил, и владыка тут же брал трубку. Часто и пообедать толком не дадут. Пока переговорит со всеми — еда остынет, чайник по два-три раза подогревали».
Анна Степановна Иванова рассказывала еще о владыке Иоанне: «Врачи его убеждали: неполезно так питаться. А он в ответ: “Вы меня не ограничивайте. Полезно, когда человек сам себя ограничивает”. И ограничивал себя даже в том, в чем ему здоровье никак не позволяло. Скажем, владыка очень любил рыбные пельмени, приготовленные матушкой Олимпиадой. Как-то она их по-особенному готовит. Подаст их на стол — владыка обрадуется, попросит себе четыре штуки, а съест только две. А когда мы начинали спрашивать: почему? — он всегда приводил в назидание пример из жизни святых отцов. “Один эконом заметил, — пояснял владыка, — что иноки не полностью съедают предложенную им пищу, и решил давать им меньше еды. Но узнав об этом, наместник строго наказал эконома за то, что тот лишил братьев монастыря подвига. Ведь добровольное отсечение своих желаний и страстей — это подвиг”».
Протоиерей Владимир (Фоменко), ключарь собора Владимирской иконы Божией Матери в Петербурге, говорил о владыке Иоанне: «Это была сильная, мощная личность, несмотря на внешнюю физическую немощь. Человек сильного духа. Хотя ножки его слабенько двигались и голос был несильный, но человеком он был очень принципиальным, крепко православным и консервативным. Всех он призывал строго держаться Православия, ибо считал, что “нет другого нам корабля”.
Владыка Иоанн являл цельную личность, самостоятельную, не шедшую на компромиссы, и всегда имевший трезвую голову на плечах. Он был истинный духовный пастырь, светившийся от благодати молитвенник».
Игуменья Иоанна (Смолкина), настоятельница Богородице-Табынского женского монастыря (Уфимская епархия), в 1979–1999 годах насельница Пюхтицкой Свято-Успенской женской обители, свидетельствовала о митрополите Иоанне: «Это был очень духовный человек. Созерцательный, весь в Боге. И, видно, ему многое было открыто. Может быть, он знал даже и время своей кончины. Я так полагаю: он как бы на алтарь положил свою жизнь. А ведь он был по-человечески очень больной. Но духом сильный, твердый».