6 апреля 1909 г. Янкович был зачислен в 1-й Балтийский флотский экипаж, 17 апреля назначен в 4-й дивизион 1-й минной дивизии на эскадренный миноносец «Летучий». 20 августа переведен на линейный корабль «Слава». 29 октября командирован в распоряжение штаба Кронштадского порта для обучения новобранцев. С 2 ноября 1909 г. по 23 марта 1910 г. занимался обучением новобранцев, затем вновь вернулся па линкор «Слава». 23 августа 1911 г. назначен исполняющим должность ревизора корабля. 27 августа утвержден в должности командира 3-й роты. В период службы на «Славе» в 1909—1912 гг. исполнял обязанности вахтенного офицера, вахтенного начальника, младшего и старшего штурмана, ротного командира и ревизора. С июля 1912 г. по июль 1913 г. — командир посыльного судна (бывшего миноносца) № 119. 6 декабря 1912 г. Янкович был произведен в лейтенанты. С июля 1913 г. по август 1914 г. — флаг-офицер штаба Балтийского флота.
В этой должности Янковичу довелось принять участие в становлении радиоразведки Российского флота. В ночь с 12 на 13 августа 1914 г. в условиях сильного тумана германский крейсер «Магдебург» выскочил на камни у острова Оденсхольм (Осмуссаар) в устье Финского залива. Попытки сняться с камней самостоятельно успехом не увенчались. В итоге командир корабля решил взорвать крейсер, а личный состав пересадить на борт миноносца V-26. Последнее намерение осуществить не удалось, миноносец из-за сильного тумана ушел. «Магдебург», на котором успели взорвать носовые погреба, был захвачен русскими моряками. Об этих событиях В.Н. Янкович рассказал в воспоминаниях, опубликованных в 1961 г.: