13 января 1931 г. В.Н. Янкович был арестован в Красноярске. Его должность на момент ареста указана, как «командир (по др. сведениям, начальник эксплуатационного отдела) парохода “Мейснер”». Ему было предъявлено обвинение по статье 58—7 уголовного кодекса РСФСР (противодействие нормальной деятельности государственных учреждений и предприятий или соответствующее использование их для разрушения и подрыва государственной промышленности, торговли и транспорта). По всей видимости, Янкович был довольно быстро освобожден. Более того, пи в одном из сохранившихся его личных документов об этом аресте не говорится ни слова. Завсденное же в 1931 г. дело № П-3647 было прекращено прокуратурой Красноярского края лишь 20 мая 2005 г.[18]
В январе 1933 г. Янкович был переведен в Главное управление Северного морского пути при Совете народных комиссаров СССР (ГУСМП), где продолжил работу, связанную с эксплуатацией флота. Он занимал должность старшего морского инспектора. Летом 1933 г. он плавал в Арктике, будучи помощником капитана теплохода «Первая Пятилетка», участвовавшего в экспедиции но проводке речных судов в море из Оби в Лену вокруг мыса Челюскин. В своих воспоминаниях он писал о ней:
В 1935 и 1936 гг. Янкович участвовал в арктической навигации, будучи групповым капитаном Ленской экспедиции. В сентябре 1937 г. в Морском управлении Главсевморпути была упразднена должность старшего морского инспектора. С 11 октября 1937 г. по 16 марта 1938 г. Янкович находился на лечении (к этому времени он вышел на пенсию), одновременно работая в издательстве «Водный транспорт», редактируя советское издание «Международного свода сигналов».
С 10 марта 1938 г. Владимир Николаевич занял должность помощника и заместителя начальника Аварийной инспекции управления «Главрыба» Наркомата рыбной промышленности (НКРП) СССР. Начальник Аварийной инспекции так писал о работе Янковича: