В январе 1813 года в Каир приехал племянник лорда Честерфилда Смелт. он привез свежие новости о событиях в Европе. От него Буркгардт узнал о нашествии Наполеона на Россию, о пожаре Москвы. К имени Наполеона он всегда прислушивался с болезненным интересом. Разве этот неистовый корсиканец не сыграл решающую роль в его жизни, в жизни его семьи? "Неужели ничто не способно остановить сей бешеный напор? — пишет Буркгардт в эти дни домой. — Те, кто сейчас следит за судьбой Европы из далеких стран, много счастливее тех, кто вынужден участвовать в этом уничтожении или подвергаться уничтожению самому".
Он уже давно мечтал поехать в Нубию, как это было задумано Ассоциацией. Нубию он считал колыбелью египетской культуры и придавал большое значение ее исследованию. В XVII–XVIII веках из европейцев там побывали португалец Франсишку Алвариш, французы Шарль Жан Понсе и Ленуар дю Руле, англичанин Джеймс Брюс. К их поверхностным описаниям Буркгардт относился не очень серьезно. Однако неожиданное обстоятельство задержало его в Каире: в Нубии свирепствовал голод, ибо саранча полностью уничтожила посевы.
Плодородие земель по берегам Нила общеизвестно: по три раза в год снимают богатые урожаи кукурузы, проса, пшеницы, ячменя, чечевицы. Поэтому ждать нового урожая нужно не так уж долго. Тогда на юг отправится и караван из Каира. Но и эти месяцы вынужденного безделья кажутся Буркгардту тягостными. Убивая время, он много ходит пешком по окрестностям Капра, ездит на верблюде, иногда на осле. Многие ограничения и запреты, существовавшие в Каире еще два года назад, теперь сняты. Часами Буркгардт купался в Ниле. С сожалением он думал о том, каким ловким пловцом был в Базеле или Лондоне, тогда как здесь его мог легко оставить позади любой каирский мальчишка. Правда, он научился брать у них реванш: ложился на спину и долго плыл по течению, этого здесь никто не умел делать.
От своих европейских корреспондентов он, между прочим, узнал, что леди Стенхоуп объездила верхом почти всю Сирию, а теперь разбила свои шатры близ Пальмиры и требует у паши чуть ли не целый монастырь в собственное распоряжение, ибо намерена… объединить христианство и ислам в единую религию. В письмах в Англию она упомянула об их встрече, не постеснявшись охарактеризовать его как человека легкомысленного, неверного, которому едва ли можно поручить серьезное дело. Даже его задержку в Каире она объяснила по-своему: просто, мол, он из-за распутного характера был не в силах оторваться от каирских женщин. Она действительно сдержала свое обещание: "Вы еще услышите обо мне!"
Наконец в марте 1813 года Буркгардт, так и не дождавшись каравана, вдвоем со слугой отправляется к верховьям Нила. За сравнительно короткий срок он проходит вдоль обоих берегов великой египетской реки — до Донголы в Северном Судане и обратно. Помимо множества разнообразных наблюдений, встреч, открытий этот путь был отмечен двумя важнейшими событиями.
В Фивах, где сосредоточено наибольшее количество памятников древнеегипетского искусства — скульптуры и архитектуры, в то время еще никакие раскопки не велись, и в Европе о богатстве этого района было мало что известно. Буркгардт обнаружил там остатки храмов, засыпанных землей и песком, и огромную гранитную голову, торчащую среди руин. С такой находкой, которая сама просилась в руки, ему было нелегко расстаться. Он назвал ее головой Мемнона — легендарного сына богини утренней зари Эос и царя Египта и Эфиопии. Согласно легенде, Мемнон пал от руки Ахилла, Эос оплакивала его гибель, и слезы ее, утренней росой капая на статую, производили звук, похожий на стон (что, кстати, было возможно, учитывая разницу ночной и дневной температур). Буркгардт сообщает в английское консульство о своей находке и о том, что готов оплатить все расходы по раскопкам и транспортировке этой головы, дабы преподнести ее в подарок лондонской Ассоциации или Британскому музею.
Следующее открытие необыкновенной важности было сделано им у самой границы Судана. От случайного попутчика он услышал однажды странное название "Ибсамбал", которое относилось к храму с фигурами богов. Насмотревшись всяческих чудес в Нижнем Египте, он не надеялся увидеть здесь ничего особенно интересного. Но такого названия он не знал, и научный интерес победил: вместе со своим слугой Буркгардт остановился в указанном ему месте.
Внимательно изучая западный берег Нила, он вдруг увидел словно выросшие из-под земли огромные пилоны, между которыми возвышались статуи — четыре мужские фигуры и две женские. Позади — странное сооружение вроде украшенного нишами фасада, прилепленное к скале, а может быть, как и в Петре, высеченное в ней. А вокруг — пустыня с узкой полоской берега. И фигуры, и скала, и вход в нее — все засыпано толстым слоем песка.