Оставалось только поколачивать служанок, ссориться с монахами, жадно прислушиваться к любым известиям из столицы и вспоминать о своей прошлой жизни в царском дворце и на уделе в Угличе. Когда слезы начинали душить, Марфа истово молилась Богу, прося о милости и перемене судьбы в лучшую сторону. Но Христос не желал слушать грешницу, окропившую руки кровью невинных людей, полагая, видимо, что ссылка для нее — слишком мягкое наказание.
Летом 1592 года Марфа узнала, что царица Ирина родила долгожданную дочь и что по этому поводу в Москве были устроены большие празднества. Многие узники были прощены и выпущены на волю. На положении самой инокини это никак не отразилось, а вот ее братья и дядья были выпущены из темниц. Они остались на поселении в небольших поволжских городках. Дорога в Москву им была заказана на многие годы. Вряд ли появление на свет царевны Феодосии обрадовало бывшую царицу. Для этого она была слишком завистливой и недоброжелательной. А вот кончина малютки-наследницы в начале 1594 года, несомненно, вызвала в душе Марфы ликование. «Раз она сама лишилась единственного сына, так и у других не должно быть детей», — думала она.
Годы шли, а в положении Марфы ничего не менялось. Каждый день был точной копией предыдущего и последующего. Ни радости, ни горести — сплошные серые будни. Только в январе 1598 года ее тесный и замкнутый мирок всколыхнуло известие о безвременной кончине царя Федора. Правда, и это событие никак не отразилось на положении опальной монахини, поскольку вскоре на престол взошел ее главный недруг — Борис Годунов. Никакие распространяемые с помощью Марфы и ее родственников слухи не смогли в то время запятнать его репутацию. Русское общество верило, что только царский шурин может быть продолжателем славных дел умершего царя. К этому времени многие люди вообще позабыли об угличской драме, о непонятной гибели царевича Дмитрия и печальной участи его матери. Все надеялись, что мудрый и многоопытный новый государь будет править милостиво и справедливо и приведет страну к процветанию.
В первые два года царствования Бориса эти надежды полностью оправдались. Все население было избавлено на год от изнурительных налогов, многие представители знати получили повышение по службе и щедрые земельные пожалования. Опальные были прощены. Родственники Марии были вновь приняты на службу и назначены воеводами тех городов, где они до этого отбывали ссылку. Марфа осталась жить на Белоозере, но уже без надзора пристава. Ей даже увеличили сумму на содержание и позволили нанять несколько новых слуг. Это, конечно, было небольшим утешением, хотя и вселяло надежду на будущее улучшение положения. Особенно обрадовало Марфу то, что ей разрешили вести переписку и принимать посетителей. Царь Борис полагал, что всеми забытая царица-инокиня не может представлять для него опасности. Но в этом он серьезно просчитался. Марфа всегда была опытной интриганкой и умело плела нити заговора, она лишь ждала подходящего момента для нанесения удара по своему главному врагу, Годунову, не желая осознавать, что вся его вина состояла лишь в том, что именно он получил престол после смерти царя Федора, а не ее сын Дмитрий.
Вскоре монахиня с удовлетворением узнала, что число людей, ненавидящих царя Бориса, существенно возросло. Дело в том, что осенью 1600 года новый монарх заподозрил знатных бояр Романовых, двоюродных братьев царя Федора, в покушении на свою жизнь. По доносу, они якобы приобрели волшебные корешки, с помощью которых хотели отравить государя. На головы всех членов большой семьи Романовых, а также на их многочисленных родственников обрушились репрессии. Жена Федора Никитича была пострижена в монахини и отправлена в Заонежье, сам он стал монахом Филаретом в Антнониево-Сийском монастыре. Их дети с тетками оказались на Белоозере, неподалеку от Марфы. Приезд новых узников существенно оживил унылую жизнь бывшей царицы: с помощью слуг и монахов ей удалось узнать последние московские новости, дворцовые сплетни и другое. Стало ясно, что популярность царя Бориса падает день ото дня. Знать была недовольна репрессиями в адрес родственников царя Федора, которые были связаны брачными узами со всеми лучшими боярскими и княжескими домами. Верхушка общества возмущалась тем, что избранный царь не желает искать невесту для сына и жениха для дочери дома, а засылает сватов ко дворам иностранных монархов. Духовенство роптало по поводу активного внедрения иностранщины и покровительства царя иноверцам. Слыханное ли дело — протестантам позволили построить в столице кирху, а русских дворян отправили обучаться за границу, к иноверцам! Народ поговаривал: «Царь Борис несчастлив. Бог наказывает нас за его грехи голодом и мором». Действительно, из-за холодного и сырого лета 1601–1603 годов хлеб не вызрел, и в стране начались голод и эпидемии.