Некоторые современники, в частности английский купец Джером Горсей, предполагали, что царь был задушен Борисом Годуновым и Богданом Бельским. Но ни первому, ни второму его скорая смерть не была нужна. Борис Годунов входил в окружение официального наследника престола царевича Федора Ивановича и вскоре должен был оказаться у трона. Богдан Бельский был царским любимцем и после его кончины лишился своего высокого положения. Больше всего были заинтересованы в скорой смерти грозного монарха его последняя жена Мария Нагая и ее многочисленные родственники, которые в случае новой женитьбы Ивана Васильевича могли потерять все и оказаться в ссылке. К тому же Марии как обитательнице царского дворца проще других было подмешивать зелье в мази и снадобья мужа. Естественно, что точных данных о причастности Марии к смерти Ивана Грозного нет, как нет сведений и о других тайных отравителях. Можно лишь строить догадки о том, кому было выгодно сводить в могилу того или иного человека и кто имел возможность это сделать.
Записки современников не содержат каких-либо сведений о том, как царица Мария Нагая отреагировала на смерть мужа. Вероятно, на людях она ловко притворялась убитой горем вдовой, но в глубине души, скорее всего, ликовала. Ведь ей с сыном полагалось достойное содержание. Она знала, что по завещанию Ивана Грозного Дмитрий получал в удел волжский торговый город Углич с прилегающими землями. Однако Мария предполагала остаться в Москве, поскольку только ее сын мог считаться наследником бездетного Федора Ивановича. Однако новый царь не оправдал надежд Марии и поступил иначе — до своей коронации он отправил бывшую царицу со всем семейством в Углич, Дмитрия своим наследником не назвал и даже официально вычеркнул из числа родственников, считая ребенка от неканонического брака незаконнорожденным.
Против такого царского решения пытался восстать дядька Дмитрия Богдан Яковлевич Бельский, но он был схвачен и отправлен в ссылку. Нагие же, хотя и в сопровождении почетного эскорта, отправились в свой удел.
На уделе в Угличе
Сборы для отъезда заняли почти месяц. Марии Федоровне не позволили взять с собой свой прежний двор. В Углич поехали лишь ее братья Михаил и Григорий и дядя Андрей Федорович с семьями. Отец к тому времени умер, влиятельный дипломат Афанасий Федорович был отправлен на воеводство в Ярославль, где через некоторое время умер. Другие родственники, Семен Федорович Нагой с сыном Иваном, остались на воеводстве в Васильсурске. Конечно, жить в Угличе было не столь почетно, как в столице, но лучше, чем в тюрьме или монастыре. В то время этот город был достаточно красивым и богатым. В нем сохранились каменные постройки прежних удельных князей. Для царевича и его близких был возведен новый двор, к каменному небольшому дворцу пристроены обширные деревянные хоромы. Центром общественной жизни считался каменный Преображенский собор. Угличане с радостью приветствовали новую повелительницу, надеясь с ее помощью избавиться от многочисленных царских поборов и повинностей. Ведь запросы малого двора были много скромнее государственных.
Жизнь Марии Федоровны на новом месте потекла спокойно и размеренно, хотя в душе ее оставалась горечь из-за того, что ее сын исключен из числа царских родственников, а ее саму в столицу не приглашают даже на церковные праздники. Но в своем уделе она была полной хозяйкой: жаловала и наказывала, кого хотела. Заботиться о пропитании и денежных доходах не приходилось, всего было достаточно. К тому же из Москвы приходили обнадеживающие вести: царь Федор все еще был бездетен и не собирался разводиться с «неплодной» Ириной Годуновой. Это означало, что у Дмитрия к моменту его возмужания сохранялись шансы оказаться на троне.
Чтобы поточнее узнать свое будущее, Мария приказала найти ведунов и колдунов. С их помощью она хотела также вылечить страдавшего эпилепсией сына и наслать порчу на главных врагов — Годуновых, тесным кольцом окружавших царя Федора Ивановича. Вскоре такие люди были найдены и привезены ко двору Михаила Нагого. Правда, вылечить царевича не удалось, не пострадали от порчи и родственники царицы Ирины. Но ведуны при угличском дворе остались, на всякий случай. Дмитрий подрастал, и Мария постоянно внушала ему мысль о царском происхождении, о правах на отцовский трон. Она ловко настраивала его против ближнего окружения Федора Ивановича, якобы разлучившего его с братом. На нервного и впечатлительного мальчика слова матери оказывали большое влияние. В гневе рубил он саблей снеговиков, заявляя, что расправляется с Борисом Годуновым и другими боярами. В слепой ярости истязал домашних животных, видя в них своих врагов.