Престарелый государь был очарован Марией и приказал готовиться к новой, уже шестой свадьбе. Для невесты и всей ее родни наступили самые счастливые времена, поскольку все остальные придворные с завистью думали об их скором возвышении и обогащении. Мария торжествовала, так как знатные девушки и даже женщины стали перед ней заискивать, желая попасть в окружение будущей царицы. Составлять список своих ближних боярынь, дворянок и прочей прислуги стало для нее самым занимательным делом. Даже наряды и подарки интересовали ее меньше. В сладостных мечтах молодая невеста представляла себя на царском троне, в роскошном платье, усыпанном драгоценностями, в золотой короне на голове. У ног — просители — князья и бояре, а также иностранные посланники с чудесными подарками. Она размышляла о том, как будет устраивать приемы для самых знатных женщин страны, принимать поздравления патриарха с церковными праздниками, выезжать на богомолье в золоченой карете в окружении многочисленной свиты. При этом Мария старалась не вспоминать, что немало времени ей придется проводить в обществе будущего мужа, злобного, коварного и физически неприятного старика, который будет требовать от нее любви и ласки.
Со свадьбой затягивать не стали. 6 сентября 1580 года во двор Федора Федоровича Нагого прибыли дружки невесты: Б. Ф. Годунов (шурин царевича Федора) и М. А. Нагой (брат умершей жены Владимира Старицкого, приходившийся Марии двоюродным дядей). В их сопровождении Мария с родственниками отправилась в Александрову слободу, где должны были состояться венчание и свадьба. Вполне вероятно, что Нагим хотелось, чтобы бракосочетание прошло в Кремле, в главном храме государства — Успенском соборе, но царь Иван Васильевич не решился столь смело попрать церковные правила — его шестой брак уже никак не мог быть каноническим. Поэтому свадьба с М. Ф. Нагой была отнюдь не пышной и больше напоминала небольшое семейное торжество. Посаженными отцом и матерью стали царевич Федор Иванович и его жена Ирина Федоровна, тысяцким — царевич Иван Иванович. Дружками жениха были молодой в то время князь В. И. Шуйский и царский любимец Б. Я. Бельский, дружками невесты — другой царский любимец Б. Ф. Годунов и М. А. Нагой. В числе гостей из бояр были только князь Ф. М. Трубецкой да Д. И. Годунов. Более знатных придворных царь, видимо, не решился пригласить. Их заменили родственники невесты: Семен Федорович, Федор Федорович, Афанасий Федорович и Иван Григорьевич Нагие. Все они были приближены к царскому трону.
Пока проходили свадебные торжества, Мария была очень счастлива, поскольку находилась в центре всеобщего внимания. На ней было великолепное платье из красного бархата, отделанное жемчужной вышивкой и самоцветами, голову украшала царская корона. Но оставшись наедине со старым мужем, она испытала горькое разочарование: царь был груб, похотлив и, будучи физически немощен, требовал ласк от нее. С трудом скрывая отвращение, молодая жена притворилась веселой и игривой. Ей вовсе не хотелось повторить участь других неугодных жен и оказаться постриженицей убогого монастыря на далеком Севере. Иван Грозный, хорошо изучивший женскую натуру, очень скоро понял, что представляла из себя юная чаровница-притворщица. Возможно, его даже сначала забавляли непомерное тщеславие и корыстолюбие Марии. Он позволил ей устроить свой двор (правда, в него вошли лишь жены дворян и дьяков), разрешил пышные выезды в загородные резиденции и монастыри. Сам он в них почти не принимал участия, удрученный болезнями и победоносным продвижением польского короля Стефана Батория в глубь русских территорий.
Даже через полгода совместной жизни ни у царя Ивана, ни у Марии Нагой не возникла хотя бы малейшая привязанность друг к другу. Слишком велики между ними были разность характеров и жизненных интересов и различие в возрасте. Иван Васильевич в очередной раз убедился, что единственно родным и близким для него человеком была первая жена Анастасия Романовна и что никакая самая красивая девушка не в состоянии ее заменить.