Окончательно оттолкнула от русской знати Лжедмитрия свадьба с католичкой Мариной Мнишек. Грубое попрание православных святынь и обрядов, насаждение при дворе польских обычаев и развлечений переполнили «чашу терпения» князей Шуйских и их союзников. 17 мая 1606 года самозванец был свергнут и убит. На престол взошел руководитель заговора В. И. Шуйский, происходивший из суздальской ветви Рюриковичей. Однако его не поддержали представители многих западных городов. В Путивле началась новая, самозванческая авантюра. Ее создатели объявили, что «царь Дмитрий» и на этот раз спасся и начинает борьбу с узурпатором В. И. Шуйским.
На самом деле за «Дмитрия» выдавал себя М. Молчанов, бежавший в Речь Посполиту с государственной печатью. Он уговорил казачьего атамана И. Болотникова стать главнокомандующим его армии и отправиться на «освобождение» Москвы от Шуйского. Уже поздней осенью столица оказалась осажденной. Но царю Василию удалось расколоть ряды болотниковцев и заставить их отойти к Калуге. Осенью 1607 года И. Болотников вместе с другим самозванцем, «царевичем» Петрушей (несуществовавшем сыном царя Федора), были схвачены в Туле и позднее казнены.
Однако еще летом этого же года в Стародубе «царь Дмитрий» наконец-то материализовался.
Личность Лжедмитрия II осталась для всех загадкой. От всех прочих бродяг его отличало умение витиевато писать и говорить. Вскоре вокруг него собралось большое войско, состоящее из польских и литовских шляхтичей, вольных казаков и прочих любителей легкой наживы. В июне 1608 года оно подошло к Москве и расположилось в Тушино. У царя Василия Ивановича собственных сил для борьбы с новым противником не было, поэтому в стране образовалось двоевластие. Часть городов сохраняла верность Шуйскому, часть перешла на сторону Лжедмитрия II. Положение первого было намного хуже, поскольку он был заперт в столице. Чтобы исправить ситуацию, царь Василий решил попросить помощи у шведского короля. В начале 1609 года царским родственником М. В. Скопиным-Шуйским в Новгороде был подписан русско-шведский договор, по которому в помощь осажденному государю посылался 15-тысячный шведский отряд под началом полковника Я. Делагарди. Россия взамен обещала выплатить наемникам 100-тысячное жалованье и отдать королю несколько карельских городов. Объединенному русско-шведскому войску под началом М. В. Скопина-Шуйского удалось освободить Москву только в марте 1610 года. К этому времени Поволжье было очищено Понизовой ратью Ф. И. Шереметева, Лжедмитрий II бежал в Калугу, сам Тушинский лагерь распался. Большая часть поляков и литовцев отправилась на службу к польскому королю Сигизмунду. III, осадившему Смоленск осенью 1609 года.
Царь Василий поначалу не придал особого внимания акции Сигизмунда, считая, что тому не взять первоклассную смоленскую крепость. Больше его обеспокоила возросшая популярность полководца-освободителя М. В. Скопина-Шуйского, и он решил от него избавиться. На одном из пиров Михаил Васильевич почувствовал себя плохо и вскоре умер. Его гибель стала сигналом для массовых выступлений против непопулярного царя. Этим воспользовался Сигизмунд и отправил к Москве войско под началом гетмана С. Жолкевского. В битве у с. Клушино царская армия во главе с Д. И. Шуйским была разгромлена. Входившие в его состав шведы отправились к Новгороду и через некоторое время захватили город.
С. Жолкевский, не встречая отпора, двинулся к Москве, туда же направился Лжедмитрий II. В этой критической ситуации дворяне 17 июля подняли восстание против В. И. Шуйского и свергли его. Власть перешла к временному правительству из семи бояр, прозванному «Семибоярщиной». Из-за угрозы воцарения Лжедмитрия II бояре вступили в переговоры с гетманом Жолкевским об избрании на престол королевича Владислава, сына Сигизмунда. Взамен поляки должны были разгромить самозванца. В сентябре 1610 года под Смоленск к королю отправилось представительное посольство, которое должно было обговорить условия венчания на царство его сына. Русская сторона хотела, чтобы Владислав принял православие и прибыл в Москву с небольшой свитой. Король эти условия выполнять не хотел, полагая, что может силой присоединить к своей короне ослабленное государство. В итоге русские послы были арестованы и отправлены в польский плен. В Москву был введен польский гарнизон, а обессиленный смоленский гарнизон был вынужден капитулировать.