Отход степняков был настолько стремительным, что защитники столицы не сразу осознали, что победили. Когда они решили броситься вслед за врагом, то оказалось, что хан уже в районе Тулы. Поэтому удалось только собрать брошенные пожитки и с триумфом вернуться назад. Так бесславно закончилось последнее наступление на Москву крымских татар. Больше столь далеко в глубь русской территории они никогда не заходили. С дороги Ф. И. Мстиславский отправил царю Федору грамоту о полной победе. При этом он забыл упомянуть своего «товарища» Бориса Годунова. Вряд ли он сделал это умышленно, просто Годунов не был настоящим полководцем и в военных советах не участвовал. Но царь обиделся за своего шурина и слегка попенял князю за невежливость и забывчивость. Если бы на месте Федора Ивановича был какой-нибудь заносчивый и чванливый вельможа, то он наверняка бы обиделся. Но наш герой и виду не показал, что недоволен выговором. Спокойно и с достоинством он получил причитавшиеся ему награды: «золотой португал» (золотую монету, считавшуюся высшим орденом того времени), дорогой кубок, роскошную соболью шубу. Для «кормления», т. е. получения доходов от налогов, он получил город Кашин с пригородами. Это было очень кстати, поскольку основные его земельные владения находились около Ярославля.
Мстиславский не обиделся даже на то, что второй воевода, Б. Ф. Годунов, получил существенно больше наград, хотя заслуг у него было меньше. Кроме «португала», кубка и шубы, тот получил звание «царского слуги», самое почетное при дворе, а также золотую цепь самого царя и богатую и обширную область Вага на Севере. О своих заслугах князь Федор Иванович знал сам, но выпячивать их не хотел. Ведь победу русскому войску обеспечили его четкое руководство, забота о мобильности связи, хорошая организованность и быстрота действий. Его спокойствие и уверенность в успехе передавались простым воинам, и они не паниковали и не трусили, четко выполняя свой долг.
Все годы правления царя Федора Ивановича Мстиславский постоянно занимал и в Боярской думе, и войске ведущее положение. Никто не оспаривал его знатность, опытность и хорошее знание своего дела. К тому же князь пользовался всеобщим уважением и часто приглашался судьей при решении сложных местнических споров. Неучастие в политических играх и интригах позволили Ф. И. Мстиславскому сохранить свое высокое положение и после воцарения Б. Ф. Годунова в 1598 году. Несомненно, что Федор Иванович, родственник по крови угасшей династии московских князей, имел больше прав на престол, чем Борис. Возможно, что последний это хорошо понимал, поэтому долго не решался занять царский трон. Но Мстиславский ни одним словом, ни одним поступком не обнаружил своего намерения вступить в политическую борьбу. Для этого он был слишком честен и благороден. Свое доброе имя и родовую честь он ценил превыше всего. Дав один раз клятву верности, никогда ей не изменял в угоду сиюминутной конъюнктуре. В этом он был мало похож на большинство своих современников, разжегших в конце концов яростную междоусобную войну.
Свое призвание князь Федор Иванович видел в верном служении царскому трону, несмотря ни на что. Поэтому он смолчал, когда царь Борис обрушил репрессии на его свояка Симеона Бекбулатовича, сослал того в глухое село Клушалино и потом послал ему отравленное вино, от которого Симеон ослеп. Вероятно, и в бывшем великом князе Московском Годунов видел соперника и стремился от него избавиться. Промолчал князь и тогда, когда репрессии обрушились на его дальних родственников Романовых, обвиненных в желании отравить царя Бориса. Несомненно, что гибель князя И. В. Сицкого и его жены, молодых Василия и Михаила Романовых, Б. К. Черкасского сильно его огорчала, но возмущаться было опасно. Малейшее неосторожное слово могло стать поводом для ссылки или пострижения его. самого.
Мстиславский знал, что Б. Ф. Годунов его не любит и пытается любым путем унизить. С мудрым терпением сносил он все попытки царя втравить его в местнические споры с каким-нибудь знатным выскочкой. Дело кончилось тем, что в пику Федору Ивановичу Борис приблизил к себе строптивого князя М. П. Катырева-Ростовского, удаленного от двора еще Иваном Грозным. Даже достаточно терпеливый царь Федор Иванович не мог сносить заносчивость и упрямство этого князя и не жаловал его. Годунов же уравнял Катырева по знатности с Мстиславским и не раз назначал того воеводой Большого полка и сажал на пиру на самое почетное место. Не роптал князь Федор даже тогда, когда после безвременной кончины жены царь Борис не позволил ему вторично жениться. Не имея наследников, ему пришлось бы после смерти оставить все свое значительное имущество казне. Вполне вероятно, что Годунов боялся, что сын знатного князя, может стать соперником его наследника царевича Федора позже.