В этих условиях бояре предложили Жолкевскому ввести в Москву польский гарнизон. Они боялись, что среди простых горожан найдется немало сторонников Лжедмитрия II и тот вновь попытается захватить город. В ночь с 20 на 21 сентября поляки тихо вступили в Москву. Среди них было немало бывших тушинцев, которые получили возможность оказаться в городе, который безуспешно осаждали почти два года. Гарнизон разместили в Кремле, Китай-городе и Белом городе. Кроме того, в руках поляков оказались Новодевичий монастырь, Можайск, Царев-Борисов и Верея — пункты сообщения со ставкой Сигизмунда под Смоленском. Начальником гарнизона стал Александр Гонсевский, поселившийся на старом боярском дворе Бориса Годунова. Жолкевский вскоре покинул Москву, поскольку должен был отвезти пленных Шуйских к королю. Сигизмунд опасался, что при обострении отношений с поляками москвичи вновь посадят Василия на царский трон.
Уже в октябре 1610 года состояние умиротворенности покинуло московских бояр. От смоленских послов стали приходить тревожные вести. Король был категорически против принятия Владиславом православия, от Смоленска отходить не собирался, считая его своей вотчиной, более того, оказалось, что он сам вознамерился стать русским государем. Поэтому многие городовые дворяне стали приезжать к нему на службу, получать чины и пожалования. Особенно щедро были награждены тушинцы, первыми приехавшие в королевский стан. М. Г. Салтыков получил волость Чаронда, которая была за Д. И. Годуновым, а потом за М. В. Скопиным. Его сыну И. И. Салтыкову досталась не менее богатая волость Вага, которая была сначала за Б. Ф. Годуновым, потом — за Д. И. Шуйским.
Все эти известия буквально раскололи Семибоярщину на части. Ф. И. Мстиславский решил, что королю служить выгоднее, поскольку вряд ли он будет часто наведываться в Москву. Он даже получил от Сигизмунда хвалебную грамоту: «Ио прежнем твоем к нам радении и приязни бояре и думные люди сказывали: это у нас и у сына нашего в доброй памяти, дружбу твою и радение мы и сын наш сделаем памятными перед всеми людьми, в государской милости и чести учинит тебя сын наш по твоему отечеству и достоинству, выше всей братии твоей, бояр». В итоге ему было присвоено звание конюшего, считавшегося самым почетным среди бояр.
Ф. И. Шереметев отправил униженное письмо канцлеру Льву Сапеге, в котором просил походатайствовать перед королем и королевичем о возвращении ему родовых вотчин, отнятых когда-то Б. Ф. Годуновым, но положительного ответа не получил. Вступил в переписку с королем и Б. М. Лыков. Он надеялся с помощью лести увеличить свои земельные владения. В конце концов это ему удалось. В августе 1611 года ему были пожалованы земли погибшего к этому времени А. В. Голицына и умершего Б. Сукина. Только И. М. Воротынский и А. В. Голицын решительно воспротивились присягать королю. На заседании Боярской думы Андрей Васильевич открыто выступил против поляков и сказал следующее: «Господа поляки, кривду великую мы от вас терпим. Признали мы королевича государем, а вы его нам не даете и пишете нам грамоты не от его имени, а именем короля, раздавая дани и чины, что и теперь видеть можете. Люди низкого звания с нами, большими, поднимаются, будто ровня. Или впредь так не делайте, или нас от крестного целования освободите, и мы сами о себе помыслим». Эти откровенные слова очень не понравились А. Гонсевскому, и он стал с большим подозрением относиться к Голицыну. В итоге князя арестовали по ничтожному поводу. Под стражей оказался и Воротынский.
Наиболее активно против польского засилья начал выступать патриарх Гермоген. Он не ограничился публичным разоблачением сторонников Сигизмунда, а стал рассылать грамоты по городам, призывая патриотов очистить Москву от польских интервентов и врагов. Именно так он называл гарнизон Гонсевского. Грамоты патриарха находили в городах горячий отклик. Особенно воодушевили они рязанского воеводу Прокопия Петровича Ляпунова (подробнее о нем будет рассказано ниже). Он стал ссылаться с другими воеводами, призывая объединиться и освободить столицу. Эти сведения достигли ушей москвичей. Недовольство поляками стало зреть не в Кремле, а среди простолюдинов. Бояре же начали служить самому королю, забыв проект избрания Владислава. Молча встретили они королевского посланника Федора Андронова, который заявил, что по распоряжению Сигизмунда он будет ведать казной вместе с казначеем В. П. Головиным.