Можно предположить, что Борис Михайлович не был среди заговорщиков, поскольку входил в ближнее окружение Лжедмитрия. Он даже женился на младшей дочери Никиты Романовича Юрьева Анастасии и как бы стал родственником представителей прежней царской династии. (Его жена приходилась царю Федору Ивановичу двоюродной сестрой.) Но когда Василий Шуйский сверг самозванца и сам воцарился, Б. М. Лыков не стал возмущаться и авантюру нового самозванца не поддержал. Напротив, с оружием в руках он отправился защищать трон Шуйского 360 от войска И. Болотникова. В 1606–1507 годах ему удалось наконец-то проявить свои незаурядные военные способности. В боях с болотниковцами он не раз побеждал.
В 1608 году князь Борис был одним из немногих, кто пытался остановить Лжедмитрия II на подступах к Москве. Сначала он сразился с его передовыми отрядами у Коломны и одержал верх. Потом он устроил с И. С. Куракиным засаду у Медвежьего брода. Здесь пытался переправиться и не смог это сделать только отряд А. Лисовского. Сам самозванец пошел в обход засады. В итоге царским воеводам пришлось вернуться в столицу и ждать удобного случая для нового сражения. Летом 1609 года голодающие москвичи попытались отогнать тушинцев. Битва состоялась на реке Ходынке. Снова царские полки возглавили Лыков и Куракин. Им удалось нанести существенный урон полякам и даже обратить их в бегство до самого табора. Окрыленные успехом воеводы попытались ворваться в ставку самозванца, но тут из засады выскочили казаки Заруцкого и яростно набросились на москвичей. Теперь уже им самим пришлось спасаться бегством. Зимой Лыков с другими воеводами отправился в ставку М. Скопина в Александровой слободе. Под руководством царского племянника войска стали наносить более ощутимые удары по тушинцам и в конце концов отогнали их от столицы. В марте москвичи радостно встречали своих освободителей. Среди них был и князь Борис Михайлович.
Лыков оказался одним из немногих воевод, которые до конца пытались спасти непопулярного царя Василия Шуйского. Он был участником Клушинской битвы, но из-за бездарного руководства Д. И. Шуйского не смог исправить плачевное положение русской армии. После этого вместе с И. М. Воротынским по просьбе царя Василия он отправился под Серпухов для переговоров с татарскими царевичами о военной помощи. Положение Шуйского стало настолько безнадежным, что его пытались спасти с помощью заклятых врагов Руси — крымцев. Совместное войско сразилось с Лжедмитрием II под Бронницами и нанесло ему ощутимый удар. Поэтому, когда самозванец вернулся в Калугу, он начал расправляться со своими татарскими сторонниками. Тогда и был убит касимовский хан Ураз-Магомед.
Но крымцы оказались ненадежными союзниками. Узнав о подходе войска Жолкевского, они ушли в свои степи. Тут уж и Б. М. Лыкову пришлось сложить оружие. Царя Василия никто не мог спасти — время его правления закончилось.
Можно предположить, что избрание Лыкова в состав Семибоярщины было связано с тем, что он был отважным полководцем. Ведь по знатности он был много ниже всех остальных бояр. Небезупречной была и его репутация — он одним из первых отправился служить Лжедмитрию I. Но в период военной опасности Временное правительство нуждалось в опытных воеводах.
Присяга Владиславу
Первоначально Временное правительство из семи бояр хотело созвать представительный Земский собор и сообща избрать нового государя из старинных и знатных родов. Гермоген призывал всех отдать голоса за юного Михаила Романова, сына ростовского митрополита Филарета (в миру — Ф. Н. Романов). Были сторонники и у князя-Гедиминовича Василия Васильевича Голицына. Среди рядового дворянства популярной была кандидатура Лжедмитрия II, при котором они надеялись приблизиться к трону. Однако всем этим планам не суждено было сбыться. В Можайске стоял коронный гетман С. Жолкевский, в Коломенском — Лжедмитрий II. У обоих было войско, способное взять столицу. Времени для созыва Земского собора не было. Приходилось выбирать между двумя кандидатами на престол: Лжедмитрием II или королевичем Владиславом.
После долгого совещания бояре пришли к выводу, что королевский сын предпочтительнее безвестного бродяги. Тут выяснилось, что некоторые дворяне из бывших тушинцев связались с Лжедмитрием и хотят впустить его в Москву. За это им были обещаны боярство и щедрые пожалования. Допустить самозванца в Москву было нельзя. Поэтому «седьмочисленные» бояре тут же обратились к Жолкевскому и попросили его подойти поближе к столице. 24 июля он был уже у Хорошева. После этого начались частые съезды, во время которых обговаривались условия военной помощи гетмана и воцарения Владислава.