Марфа решила, что вряд ли это назначение было случайным. Филарету предоставлялся шанс оказать новому царю очень важную услугу, которая могла быть хорошо вознаграждена. Лучшей наградой мог быть сан патриарха. (После свержения ставленника самозванца грека Игнатия патриарший престол был пуст.) Филарет справился с поставленной задачей как нельзя лучше.
Из Углича в Москву полетела грамота с сообщением о том, что мощи царевича Дмитрия найдены нетленными. Это означало, что усопший был святым. Тут же организовали торжественное перенесение гроба Дмитрия в Москву. (Иностранцы, скептики, правда, не поверили в то, что тело могло сохраниться 15 лет в первозданном виде, и предположили, что мощи настоящего царевича были подменены — вместо них на всеобщее обозрение выставили останки только что умершего мальчика.)
Слишком рьяное участие Филарета в деле прославления нового святого, видимо, показалось Василию Шуйскому подозрительным. Предполагаемый патриарх мог оказаться более заметной фигурой, чем сам царь. Поэтому ростовский митрополит остался без награды и был вынужден вновь отправиться ни с чем в свою епархию. Марфа поселилась с детьми и начала самостоятельно заниматься их воспитанием и образованием.
Татьяна вскоре превратилась в красивую девушку с хорошим приданым. На примете было сразу несколько женихов. Решили выбрать самого знатного. Им стал молодой князь Иван Михайлович Катырев-Ростовский, принадлежащий к одной из наиболее заметных ветвей Рюриковичей. Его отец Михаил Петрович был видным полководцем и боярином в правление Бориса Годунова.
Свадьбу сыграли поздней осенью 1607 года, после того как царь Василий с триумфом вернулся из-под Тулы, разгромив Болотникова и Петрушу. В числе приглашенных была почти вся московская знать. Гуляли весело и широко, поскольку многие, особенно Марфа с Филаретом и их многочисленные родственники, хотели забыть прежние невзгоды. Каждый надеялся, что все плохое уже позади. Но эти надежды были напрасными. Смута еще только разгоралась.
Вскоре оказалось, что родство с ростовскими князьями приблизило Романовых прямо к царскому престолу. В начале 1608 года царь женился на Екатерине-Марии Буйносовой-Ростовской. Марфа с дочерью сразу же подружились с новой царицей и вошли в ее ближайшее окружение. Вместе ездили на богомолье, посылали подарки в тюрьмы и богадельни. После опалы Марфа прониклась особым сочувствием к несчастным узникам и по церковным праздникам посылала в темницы деньги, калачи, ненужную одежду и недорогие ткани. Михаил подрастал и по просьбе матери вскоре получил от царя чин стольника. Во время царских пиров ему следовало прислуживать за столом. Должность была необременительной и полезной, поскольку позволяла часто находиться около царской особы, т. е. на виду.
Увы, но и эта короткая мирная жизнь закончилась. Летом 1608 года к столице подошло войско Лжедмитрия II и расположилась в Тушино. В стране образовалось двоевластие, разделившее всех людей на две части. Марфа с Михаилом и большинством родственников оказалась в осажденной столице, Филарет — в Ростове. Осенью 1608 года на его город напали тушинцы, разорили митрополичью резиденцию и самого Филарета захватили в плен. На простой телеге в старой, рваной одежде его отвезли как пленника в Тушино. Но там он был неожиданно обласкан «цариком». Новый самозванец пытался хотя бы в глазах жителей отдаленных городов выглядеть законным правителем, поэтому нуждался в поддержке таких знатных и хорошо известных людей, как Филарет.
Пленника одели в красивую одежду, приставили к нему слуг и нарекли «патриархом всея Руси». Следует отметить, что в Москве был другой патриарх — Гермоген, официально поставленный русским духовенством. Филарет такого статуса не имел, но вынужден был рассылать от своего имени грамоты в подчинявшиеся Тушинскому вору города. Получалось, что официально он являлся главным сподвижником Лжедмитрия II. Марфа, как могла, пыталась реабилитировать бывшего мужа в глазах царя Василия. Она всячески убеждала его в том, что Филарет взят в Тушино насильно и находится там на положении пленника, правда, подписанные им грамоты убеждали в обратном.
Все оставшееся правление Шуйского у Романовых сохранялось двойственное положение. Оно усугубилось еще тем, что зять И. М. Катырев попытался было сбежать в Тушино, но был схвачен и отправлен в Сибирь. Только благодаря Марфе новые правительственные репрессии не коснулись всех. Более того, когда Тушинский лагерь окончательно распался и входившие в него поляки повезли Филарета под Смоленск к королю Сигизмунду, царь Василий направил войска в Иосифо-Волоколамский монастырь с приказом отбить вольного или невольного пленника. Патриарх Гермоген даже направил к нему грамоту со своим прощением за то, что ростовский митрополит самовольно носил его чин.