В Москве В. И. Шуйский вряд ли вошел в близкое окружение царицы Марии Григорьевны и нареченного царя Федора Борисовича. Первой был ближе муж ее сестры Дмитрий Иванович, второму были нужны не престарелые князья, а ровесники. Такой была традиция русского двора. Поэтому при составлении новых росписей полков взамен уехавших воевод вряд ли кто-нибудь спросил совета у опытного князя Василия. Главнокомандующим назначили весьма кичливого М. П. Катырева-Ростовского, вторым воеводой при нем — только что получившего боярство П. Ф. Басманова; полк Правой руки должен был возглавить князь В. В. Голицын, вторым при нем — князь М. Ф. Кашин; полк Левой руки — З. И. Сабуров, Сторожевой полк — князь А. А. Телятевский, зять С. Н. Годунова, главного царского наушника. Эта роспись оказалась настолько неудачной, что вызвала массовое местничество: З. И. Сабуров начал спорить и с В. В. Голицыным, и с А. А. Телятевским, полагая, что ближе всех по родству с новым царем; А. А. Телятевский по той же причине начал спор с князем В. В. Голицыным; М. Ф. Кашин — с П. Ф. Басмановым; П. Ф. Басманов — с А. А. Телятевским. Словом, воевать стало некому, все главные воеводы требовали суда из Москвы, где были заняты лишь приведением населения к присяге и подготовкой будущей коронации. Об угрозе со стороны Лжедмитрия, казалось, новый государь окончательно забыл. В итоге среди простых воинов началась смута. Некоторые бежали домой, другие предпочли перейти на сторону самозванца, очень щедрого на награды. Кроме того, они полагали, что служить «подлинному сыну царя Ивана Васильевича» — их долг, в этом они клялись когда-то Ивану Грозному. Права Федора Борисовича на престол выглядели весьма сомнительными — его никто не избирал на царство. Все это привело к тому, что Лжедмитрий стал набирать силы. На его сторону переходили многие города, в армию вливались новые воины.
Находясь в Москве, В. И. Шуйский никак не мог повлиять на события в стране, хотя он прекрасно знал, что «царевич Дмитрий» — всего лишь авантюрист и обманщик. Русские люди уже не хотели знать правду и радостно «бросались в объятия» самозванца, по образному выражению писателя Смутного времени Авраамия Палицына. Князю Василию приходилось лишь философски взирать на все происходящее и ждать результата противоборства двух претендентов на царский престол. Мы не знаем, как он прореагировал на известие из-под Кром о том, что царская армия перешла на сторону Лжедмитрия и арестованы немногие сторонники Федора Борисовича. Можем лишь догадываться о том, что он ничего не предпринял для спасения Годуновых, когда 1 июня против них началось восстание москвичей. Более того, по сообщениям некоторых иностранцев, именно Василий был повинен в том, что толпа расправилась с царем Федором и его родственниками. По их версии, события развивались следующим образом. Когда эмиссары Лжедмитрия Г. Пушкин и Н. Плещеев зачитали грамоты о «чудесном спасении царевича Дмитрия», толпа бросилась к дому Шуйских, требуя, чтобы князь Василий открыл истину, ведь совсем недавно тот уверял, что настоящий царевич похоронен в Угличе. На этот раз испуганный князь якобы заявил, что в могиле Дмитрия похоронен некий поповский сын, зарезанный наемными убийцами по ошибке. Его слова настолько поразили москвичей, что они бросились в Кремль громить царский дворец. В русских источниках эта версия не находит подтверждения, но поскольку позднее Шуйский многократно менял свои показания относительно обстоятельств гибели Дмитрия, то можно предположить, что в момент личной опасности князь солгал в угоду сильнейшего и косвенно оказался причастен к свержению Федора Борисовича. Позднее, чтобы оправдать свою ложь, он активно поддержал версию о том, что царевич Дмитрий был убит по приказу В. Ф. Годунова. Однако многократная ложь в угоду обстоятельств и попытки «держать нос по ветру» привели к тому, что репутация князя в глазах народа оказалась окончательно испорченной. В итоге это и привело его к трагическому концу.