Поначалу новый царь действительно стремился заботиться о бедных. Для калек и нищих стариков были построены богадельни. Безработных нанимали на государственные работы и платили им жалованье. Особенно широкомасштабным было строительство. В 1598 году заложили город-крепость неподалеку от Можайска. Он был назван в честь нового государя Царев-Борисов и представлял собой хорошо укрепленный замок — был обнесен каменными стенами с четырьмя башнями, окруженными глубоким рвом. Внутри располагалась величественная шатровая церковь во имя благоверных князей Бориса и Глеба. Второй городок был построен у устья Донца. Работы по его возведению поручили вести Б. Я. Бельскому, который оказался не менее тщеславным, чем царь Борис. Он неоднократно заявлял строителям, что в новом Цареве-Борисове он такой же царь, как Годунов в Москве. Этим он, возможно, намекал на то, что по происхождению равен с новым государем, а при Иване Грозном был при дворе даже более значительной фигурой, чем Борис Федорович. Крамольные речи Богдана Яковлевича вскоре стали известны царским соглядатаям. В итоге зарвавшийся вельможа отправился в ссылку.
В Кремле после возведения нового царского дворца отстроили каменные палаты для Стрелецкого и Пушкарского приказов. Для нужд поварни провели водопровод. Он состоял из системы воротов и желобов, по которым вода поступала из Москвы-реки сначала в одну из кремлевских башен, а потом туда, где она требовалась. Все соборы были отремонтированы, Успенский покрыли новой металлической крышей, верх колокольни Ивана Великого надстроили, купол позолотили, а под ним золочеными буквами сделали надпись с полным титулом царя Бориса, сохранившуюся до наших дней.
Чтобы еще более прославить свое имя, Борис Федорович задумал построить в Кремле храм Святая Святых — точную копию иерусалимского. Его должны были украшать золотые фигуры Иисуса Христа, апостолов и ангелов. Некоторые из них даже были отлиты, привезен камень и заложен фундамент. Но завершить эту величественную постройку царь не успел. Позже строительный материал был использован для дворца Лжедмитрия I, а золотые статуи переплавили на монеты.
Больше повезло другим постройкам времен Бориса Годунова. Несколько веков прослужил каменный мост через Неглинку с арками и лавками торговцев. Он походил на аналогичные сооружения в Европе. Часть этого моста археологи обнаружили недавно при раскопках на Манежной площади. Великолепно была отстроена и загородная резиденция в Вязёмах. Там до сих пор красуется каменный храм, возвышается необычайная по архитектуре колокольня, сохранилась и плотина. Много новых зданий было построено в Новодевичьем монастыре, а также в Тихвинском Успенском.
Желая продемонстрировать всем свое исключительное благочестие, царь Борис повелел переложить мощи митрополита Алексия и преподобного Пафнутия Боровского в новую золоченую раку, украшенную драгоценными камнями. Из чистого золота сделали ковчеги для всех частиц мощей, хранившихся во дворце в молельной комнате и у патриарха. По царскому приказу были отлиты два великолепных колокола — для кремлевской звонницы и Троице-Сергиева монастыря. Новый драгоценный оклад из золота и большого количества драгоценных камней был изготовлен для иконы Андрея Рублева «Троица».
Современные искусствоведы считают, что во время правления Бориса Федоровича в архитектуре, живописи и прикладном искусстве появился особый «годуновский» стиль. Его отличали изысканность, вычурность и определенное изящество форм, богатый декор и пышность отделки. Все это свидетельствовало о склонности царя к помпезной красоте, шику и роскоши, что опять же существенно отличало его от скромного и умеренного во всех отношениях царя Федора Ивановича.
По-новому начали отмечаться и некоторые традиционные церковные праздники. Так, вдень Богоявления (Крещения Господня) стали публично освящать воду в Москве-реке. Для этого рядом с Кремлем вырубали прорубь, около нее возводили помост для тронов патриарха и царя.
Священнодействие начиналось рано утром: из ворот Кремля с церковными песнопениями выходили духовные лица с крестами, иконами, зажженными свечами и богослужебными книгами в дорогих окладах. За ними шествовал патриарх в парчовом одеянии в окружении четырех митрополитов. Далее следовали бояре с царем и царевичем Федором, одетые в бархатные шубы, отделанные черным мехом. Замыкал процессию простой народ в своих лучших одеждах.
У проруби патриарх читал священные тексты и несколько раз погружал в воду золотой крест. Туда же бросали зажженные свечи. После этого считалось, что вода освящена и может считаться целебной. Первым наполняли золотое блюдо для царя, и он окунал в него лоб и щеки. Потом все присутствующие черпали воду из проруби и лили себе на голову. Некоторые простые люди даже раздетыми бросались в воду, а матери окунали в прорубь маленьких детей, надеясь, что это придаст им здоровье.
Крещенскую воду развозили по церквам, верующие наполняли ведра и бутыли и относили их домой. Обычай освящать воду в Крещение сохраняется и поныне.