Внешний блеск царской власти не отразился на положении подданных. Злоупотребления почувствовавших себя всесильными больших и мелких властителей (бояр, наместников, воевод, дьяков) усиливались. Чаша народного терпения переполнилась, и после разрушительного пожара 1547 г. в Москве поднялось масштабное восстание, направленное против князей Глинских. Дядя царя, князь Юрий Васильевич, был убит, другой дядя, князь Михаил, и бабушка, княгиня Анна, чудом избежали смерти. В Москве перебили слуг Глинских, а также дворян, переселившихся в Москву из Северской земли, откуда были родом и сами Глинские. Разгневанная толпа приходила к воротам царской загородной усадьбы Воробьево, требуя от молодого государя выдачи его родственников. Эти события ужаснули Ивана IV и заставили его подумать о причинах народного недовольства. Было очевидно, что для их искоренения требуются установление порядка в стране и перемены в управлении.
Вокруг молодого царя сложился кружок единомышленников, получивший в историографии название Избранной рады. Лидерами этого неформального правительства стали священник Сильвестр и дворянин Алексей Адашев. Вероятно, входили в Избранную раду бояре князь Андрей Курбский, князь Дмитрий Курлятев и некоторые другие. Избранная рада в согласии с царем в течение десяти лет осуществляла ряд важных реформ, направленных на централизацию управления и установление законности — был создан «Судебник» (свод законов); проведена реформа местного управления, направленная на облегчение положения населения; появилось «Уложение о службе», определявшее порядок несения воинской службы дворянством; оформилась система органов управления — приказов; было создано регулярное стрелецкое войско и т.д.
Укрепление центральной власти в результате реформ Избранной рады позволило достигнуть выдающихся внешнеполитических успехов. В 1552 г. после долгих лет противостояния под ударами русского оружия пало враждебное Казанское ханство. Спустя два года к России было бескровно присоединено Астраханское ханство. Огромные территории Среднего и Нижнего Поволжья вошли в состав Российского государства. Состоялись успешные походы против Крымского ханства. В 1557 г. верховную власть московского царя признал над собой сибирский хан Едигер (правда, вскоре он был свергнут с престола Кучумом и присоединение Сибири к России отодвинулось более чем на двадцать лет).
В 1558 г. Иван IV обратил свое внимание на запад и вступил в войну с Ливонским орденом за выход к Балтийскому морю. Главной задачей этой войны было получение возможности свободной морекой торговли с Западной Европой. Первоначально успех был на стороне русских войск. Орденское рыцарское войско не могло противостоять многочисленным отрядам дворянской конницы, стрельцов и татар. Один за другим переходили в руки воевод ливонские (прибалтийские) города. Но в 1561 г. на стороне Ордена выступила Польша, и России пришлось иметь дело с более сильным противником. Наступила полоса неудач.
Поражения в Ливонской войне обострили взаимоотношения Ивана IV со своими советниками. К этому времени энергичный царь тяготился опекой Сильвестра и Адашева, и без колебаний пошел на разрыв с ними. Правительство Избранной рады пало, и начались репрессии против воевод. Эта политика вызвала протесты со стороны боярства и дворянства, что еще более усугубило конфликт царя с правящим сословием. В декабре 1564 г. Иван IV неожиданно провозгласил, что оставляет трон. После двух недель путешествия по Подмосковью государь обосновался в Александровой слободе, бывшей старинной вотчиной московских князей. Туда к нему и отправилась с униженными мольбами делегация Боярской думы. После переговоров с боярами царь согласился вернуться на престол, но выдвинул условием создание особого учреждения — опричнины и получение бесконтрольного права казнить «изменников». Само слово «опричнина» в старину обозначало особенный удел вдовы. Представляется, что царь, не чуждый мрачного юмора, избрал это наименование с той же иронией, с какой Екатерина II именовала себя «бедной вдовой».