Опричнина явилась своеобразным государством в государстве. Под нее выделялись значительные территории, было создано опричное войско (из прежнего служилого сословия, дворян, которые проходили жесткий отбор) и особый аппарат управления. Главной задачей новых слуг царя — опричников — стало изобличение измен и заговоров, которые, по мнению Ивана IV, постоянно зарождались в земщине — второй половине государства. Начался семилетний период страшных репрессий и террора. Казням и пыткам подвергались люди различных сословий. Встав во главе опричного войска, Иван IV, получивший вследствие своей жестокости прозвище Грозный, громил целые города, тысячами уничтожая ни в чем не повинных людей. Тверь и Новгород были разгромлены наподобие вражеских городов, массовые казни производились в Москве. Головы казненных «метали» под ворота боярских домов, обитателей которых царь пока еще не обвинял напрямую, но таким страшным образом предупреждал. Опричники громили вотчины опальных бояр и дьяков, без жалости истребляя дворовых и крестьян. Опричники зверствовали как по воле царя, так и по своему почину, обогащаясь за счет земских.
Опричнина была отменена столь же внезапно, как и введена, — в 1572 г. Впоследствии, вплоть до самой смерти, Иван Грозный многократно прибегал к террору, но подобного размаха казни уже не достигали. Смысл опричнины долго был и до сих пор является темой научных дискуссий. Одни ученые видели его в борьбе Грозного с боярской оппозицией, другие — в ликвидации последствий феодальной раздробленности (независимость Новгорода, самостоятельность Церкви, княжеское землевладение). В.Б. Кобрин предположил, что опричнина стала альтернативой реформам Избранной рады. Это был хирургический путь мероприятий, направленных на централизацию, вместо терапевтического пути, связанного с постепенным реформированием системы. Существует, наконец, и такая точка зрения — боярские заговоры были реальностью и опричнина была направлена против измены и являлась инструментом в создании мощной государственности. Именно так смотрел на опричнину Сталин, и в настоящее время находится немало поклонников этой позиции. Скорее всего, опричнина была универсальным средством в борьбе со всем, что представлялось царю противостоящим его неограниченной власти и эффективному управлению государством (Иван Грозный соединял эти два понятия в неразрывное целое). И она действительно создала неограниченное самодержавие, или, вернее, деспотизм Ивана Грозного. Однако для страны он стал не благом, а катастрофой.
Опричнина ужаснула и поразила современников. Уже авторы исторических повестей начала XVII в. видели в ней истоки будущей гражданской войны. Дьяк Иван Тимофеев писал, что царь Иван «всю землю державы своея яко секирою наполы
Не менее важными были и экономические последствия опричной политики. Большинство пахотных земель в центре государства запустели. По данным писцовых книг 1580-х гг., в новгородской Деревской пятине «в пустс» лежали 98% земель, на соседних, тверских землях, запустение охватило 70% пашни, в Московском уезде — 84%. Писцы честно отмечали в книгах причины запустения — одного крестьянина убили опричники, а его сыновья сбежали, спасаясь от расправы, другой был ограблен и пошел скитаться по Руси, третий — убит ливонскими «немцами».
Тысячи крестьян были убиты или бежали от опричного террора на окраины страны (в первую очередь, на юг и в Поволжье). Правительство пыталось решить эту проблему запретом «крестьянского выхода» (ухода от землевладельца), но крестьяне продолжали бежать, а недовольство усиливалось. Произведенные опричниной опустошения усугублялись многократным усилением налогов для ведения разорительной двадцатипятилетней войны за Ливонию, нашествиями татар и эпидемиями чумы.
Очевидно, что своими корнями Смутное время уходит в эпоху Ивана Грозного, переломным моментом которой является опричнина. Опричнина вызвала раскол в правящем сословии, посеяла вражду и ненависть среди некогда единой и составлявшей главную опору власти московских государей социальной группы — «двора», включавшей боярство и наиболее значимые дворянские роды. Глубокий экономический кризис вынудил правительство Ивана Грозною и его преемника царя Федора Ивановича принять меры к запрещению «крестьянского выхода», что вызвало массовое недовольство крестьян и в дальнейшем привело к возникновению крепостного права.