Но подобные директивы, если даже они и были сформулированы Алексеевым, до Макарова не добрались, потому как 31 мая китайские власти интернировали «Сокрушительный». А 1 июля нейтралитет Чифу был нарушен японскими истребителями «Асасиво» и «Касуми», которые высадили в порту десант, захвативший русский миноносец. Команда корабля попыталась взорвать его, при этом в схватке с японцами был убит минер Валович и ранено пятеро моряков, включая командира миноносца лейтенанта М.С.Рощаковского. У японцев также был один убитый и 12 раненых, но это не помешало им потушить вспыхнувший на «Сокрушительном» пожар и на буксире у «Асасиво» увести его к базе на островах Эллиот.
Незаконный захват русского корабля в нейтральном порту вызвал большой резонанс в мире, правительствам Японии и Китая вручили ноты протеста. За «непринятие надлежащих мер» командующего китайской Северной эскадрой адмирала Са Чженбина отдали под суд, но захваченный миноносец Япония так и не вернула.
В Порт-Артуре обо всем случившемся в Чифу узнали лишь некоторое время спустя. А пока обе стороны конфликта продолжали по мере сил и возможностей ставить друг другу палки в колеса.
С русской стороны это вылилось в направление в ночь со 2 на 3 июня в залив Сахайкоу минного заградителя «Амур», вставившего сотню мин в местах наиболее вероятного появления японцев. Успех минной постановки был омрачен последующим возвращением в крепость, когда уже после вываливания последних оставшихся пятидесяти мин в Голубиной бухте «Амур» получил тяжелые повреждения корпуса от удара о камень (было затоплено пять отделений междудонного пространства и три угольные ямы). После прихода в Порт-Артур корабль из-за недостатка мин в крепости не стали ремонтировать и в дальнейшем использовали его как базу траления, а также как «поставщика» отдельных деталей и вооружения для нужд эскадры.
Того, несмотря на не лучшую погоду, также старался не упускать возможности напомнить русским о себе и 5 июня предпринял очередную попытку бомбардировки крепости японцами с моря силами броненосцев «Асахи», «Сикисима» и броненосного крейсера «Касуга», пресеченную ответным огнем «Орла», «Славы», «Громобоя» и «Витязя».
После 8 июня в боях у крепости наступила оперативная пауза, вызванная в том числе постоянными штормами и сильными продолжительными туманами в это время года. На суше японцы накапливали силы для решительного наземного наступления, а русские в ответ укрепляли свои позиции на Цзиньчжоуском перешейке. Что же касается флотских дел, то обе стороны старались как можно скорее ввести в строй свои поврежденные корабли. При этом и Того, и Макаров в основном ограничивались лишь действиями легких сил: Того — для разведки, минных постановок и охраны своих воинских перевозок, Макаров — для траления и воспрепятствования действиям японцев у порт-артурской гавани и в окружающих Квантунский полуостров водах.
Русскими после подрыва «Богатыря» в очередной раз была усовершенствована служба наблюдения за морем и приданы дополнительные корабли и катера в состав тралящего каравана. На внешний рейд снова вывели «Георгий Победоносец». После боя у Бицзыво на этом броненосце смогли исправить лишь часть полученных им серьезнейших повреждений, поставивших жирный крест на возможности его дальнейшего использования в качестве полноценного корабля линии. А по итогам сражения 25 мая с него сняли одно 305-мм орудие для замены поврежденного на «Победе», окончательно решив использовать этот корабль в качестве донора разного рода запасных частей для других, менее пострадавших кораблей. Помимо того, еще ранее с «Георгия Победоносца» было снято какое-то количество орудий для усиления Цзиньчжоуской позиции, что свело текущий состав его артиллерии до трех 305-мм, шести 152-мм, двух 75-мм, восьми 47-мм и четырех 37-мм пушек.
Соответственно, на внешнем рейде «Георгию Победоносцу» отныне была уготована роль постоянной хорошо вооруженной брандвахты, дополняемой каждую ночь дежурными крейсером, канонеркой, миноносцами и минными катерами. При этом место стоянки броненосца было определено у Золотой горы, за брекватером из нескольких затопленных судов и дополнительным прикрытием из противоминных сетей, что делало практически невозможной атаку на него миноносцев.
9 июня вместе с проведенным крейсерами «Аскольд» и «Баян» французским транспортом с продовольствием Порт-Артура наконец достигли сведения о том, что в Чифу захвачен «Сокрушительный», и о неудачных действиях корпуса Штакельберга на материке. Командному составу крепости стало понятно, что на ее скорую деблокаду войсками Куропаткина надеяться явно не стоит.