С приближением неприятеля, получив личный вызов от Милорадовича, надев «куртку, сделанную из синего фрака, у которой при полевых огнях фалды обгорели», присоединяется он к отступающей русской армии и становится волонтером. Вступить сразу в офицерский корпус Глинка не может — его никто не знает, а псе документы остались в горящих Сутоках. Он присоединяется к коннице генерала Корфа и отступает вместе с ним до Дорогобужа, а там примыкает к арьергарду генерала Коновницына. Волонтер — тот же солдат, только без формы. Он выполняет все солдатские обязанности и ходит в бой как рядовой. В неразберихе отступления никто не знает, что среди волонтеров офицер и дворянин. В этом звании он участвует и в Бородинском сражении. Глинка нашел Милорадовича только в Тарутинском лагере. Он был зачислен адъютантом генерала и после этого уже офицером — от поручика до полковника — участвовал во всех боевых действиях в первых рядах наступающей армии — от Малоярославца до Парижа. В середине октября Глинка — в числе первых офицеров, ведущих русские войска по берегам Нары, через осенние калужские леса. Почти каждый день штыковые бон. Малоярославец, Вязьма, Красный, наконец, Смоленск. А оттуда — дорога с боями до Березины, остановка в Вильне, освобождение Германии. За заслуги перед немецким народом король Пруссии наградил Глинку особым орденом «За военные заслуги». Весть о взятии Парижа застала Глинку в Вильне, куда он был направлен особым приказом и где произошла его встреча с В. А. Жуковским. Вскоре, как и многие русские офицеры — участники войны, он отправляется в Париж.
Ко временам европейского похода и взятия Парижа относятся проникновенные размышления писателя о сущности наполеоновских войн, буржуазной революции, о роли России в европейской истории.
Война 1812 года поистине была войной, в которой русская армия выполнила свое назначение «святого воинства» — воюя не только за Россию, но за свободу всех народов, за духовные и нравственные ценности всего человечества. В своем «Рассуждении о необходимости иметь историю Отечественной войны 1812 года» Глинка писал: «Война 1812 года неоспоримо назваться может священною. В ней заключаются примеры всех гражданских и всех военных добродетелей. Итак, да будет История сей войны... лучшим похвальным словом героям, наставницею полководцев, училищем народа и царей».
В конце войны полковник Глинка был награжден золотым оружием с надписью «За храбрость». Вернувшись домой, оп посвящает свое время описанию истории минувшей войны. В 1818 году в Петербурге выходит «Подарок русскому солдату» — сборник патриотических военных стихотворений Глинки. Большинство из них посвящено Апшеронсиому полку, в котором служил Глинка, — это естественно. Много стихотворений о партизанах — целый партизанский цикл. Большинство военных стихов Глинки было написано прямо на поле брани, перед боями или сразу после них, по ночам, на привалах.
Когда в 1818 году М. А. Милорадович занял пост военного губернатора Петербурга, полковник Глинка стал заведующим его канцелярией. В его формулярном списке значилось: «С ведения и по велению Государя Императора употребляем был для производства исследований по предметам, заключающим в себе важность и тайну». Отношение свое к службе Федор Николаевич всегда, всю свою жизнь стремился увязать с данным в юности обетом говорить всегда только правду. А потому он неизбежно обличал корыстолюбие, взяточничество, нечестность не только в личных беседах, но и в докладах, в том числе на «высочайшее имя», за что постоянно ощущал неприязнь начальника канцелярии гражданского генерал-губернатора Геттуна, человека ограниченного и не всегда чистоплотного в делах. Говорил Глинка правду и другим высокопоставленным чиновникам, и лишь покровительство Милорадовича спасало его от неприятностей. «Великодушным гражданином» называл Глинку А. С. Пушкин.