В 1820 году в жизни Глинки произошло событие, имевшее для него роковые последствия: его посетил некий Григорий Абрамович Перетц, который, в частности, стал всячески убеждать его в необходимости использования в России ротшильдовских займов и влияния его компаний. Во всяком содействии подобным предприятиям Глинка отказал...
Через несколько дней после подавления восстания на Сенатской площади он был арестован. Основанием для ареста оказались... показания Григория Псротца о тайном обществе «Хейрут» («Свобода»), которое они якобы создали с Глинкой. Добившись встречи с Николаем I, Глинка стремится доказать императору, что обвинение против него — результат клеветы подспудных «доносителей» и «ловителей». В ответ император, помахав рукой над головой Глинки, произнес слова, вошедшие во все жизнеописания поэта: «Глинка, ты совершенно чист, но все-таки тебе надо окончательно очиститься».
9 июля 1826 года полковник Глинка отставлен от службы и сослан на жительство в Олонецкую губернию. Позже Федор Николаевич вспоминал, что именно там освободился он от губительных заблуждений — очистилось сердце, исправились помыслы. В одном из стихотворений времен карельской ссылки он записал: «В твоей живительной волне переродилось все во мне».
В Петрозаводске, определенный на службу в губернское правление, Глинка, помимо исполнения непосредственных обязанностей, много занимается исследованием Олонецкой губернии, жизни карелов, природы края. Давний интерес его к географии и краеведению отразился и на поэтическом труде — Глинка был первым переводчиком на русский язык великого карело-финского эпоса «Калевала». Кроме того, он пишет там две большие поэмы: «Дева карельских лесов» и «Карелия, или Заточение Марфы Иоанновны Романовой», которые содержат разнообразные поэтические описания природы этого края. Но что самое главное — поэма «Карелия» стала началом совершенно новой полосы и в поэтической работе, и в жизни Федора Николаевича. Обратившись к событиям более чем двухсотлетней давности, к народно-освободительной борьбе начала XVII века, к временам чудесного возрождения погибавшей во внутренней розни и от внешнего врага России, поэт, опираясь и на личный опыт путешественника и воина, и на опыт истории, ясно и определенно выразил, где и в чем корни русской силы и славы...
Вернувшись из ссылки, Федор Николаевич поселяется в Твери, где он женится на Авдотье Павловне Голенищевой-Кутузовой, тоже писательнице. Супруги часто ездят в родовое имение Голенищевых-Кутузовых село Кузнецово Бежецкого уезда. Земля эта, населенная в основном карелами, жившими там со времен Петра I, оказалась очень привлекательной для Глинки — географа и краеведа. По поручению Географического общества он проводит исследования курганов и древних захоронений в районе Алаунских высот. Его работа «О древностях в Тверской Карелии» получает премию Географического общества. Через несколько лет Глинки переезжают в Москву и поселяются в доме на Садовой.
В 40-е годы Глинка много пишет, печатается — прежде всего в журнале «Москвитянин», газете «Московские ведомости». Именно в это время наиболее полно раскрывается его дар поэта-философа. Многое поняв и переосмыслив, он в душе своей остается все тем же «великодушным гражданином», каким знал его Пушкин. Федор Николаевич деятельно выступает против спаивания русского народа винными откупщиками, печатает об этом «народную повесть» «Лука да Марья». В условиях преступного нерадения бюрократии об этой беде подобные выступления свидетельствуют о выдающемся гражданском мужестве поэта. К этим же временам относятся и другие яркие образцы его прозы. Поэт принимает деятельное участие в подготовке и праздновании семисотлетия древней русской столицы, его очерк становится событием литературно-общественной жизни.
«Понедельники» в доме Глипок — заметное явление московского быта того времени. Среди знакомых и друзей Глинки — Тютчев, с которым он переписывается, Хомяков, Лажечников, крупнейший чешский ученый Павел Йозеф Шафарик. На «понедельниках» складывается обстановка, где память о войне 1812 года становится господствующим настроением. И когда разразилась Крымская война, отставной полковник вновь становится ведущим военным поэтом. Его стихи «Ура! на трех ударим разом», «Голос Кронштадту», «Сербская песнь» и другие распространяются в боевых листках русской армии, их переводят на самые разные языки, включая китайский и японский.