В диалоге «Тимей» рассуждения об анатомическом устройстве человеческого тела и акте его создания тесно связаны с учением о природе души. Платон помещал высшую, бессмертную часть души в головной мозг, хотя и не имел эмпирических свидетельств, подтверждающих правильность его предположения. По мнению Дж. Лонгригга, Платон стремился отделить эту часть души от смешения с плотью, в которой располагаются и ее низшие части[249]. Гален комментирует это представление Платона в своей работе «О зависимости свойств души от темпераментов тела»: «Итак, поскольку существуют три части души, то Платон желает показать, где они находятся. Одна из них обнаруживается в печени, другая — в сердце, а третья — в головном мозге. Причем, как кажется, Платон был убежден, что из этих частей только разумная часть бессмертна»[250]. Из этого следует и важное анатомическое замечание о роли шеи, которая физически отделяет голову от остальных частей тела с их физиологическими процессами, как бы «загрязняющими божественное» и разумное в человеке. Это базовое представление определяет отличие системы Платона от представлений Эмпедокла, который утверждал, что душа происходит из крови. Она же (находящаяся в районе сердца), по мнению Эмпедокла, служит местом расположения мыслей и чувств человека. Таким образом, интеллект и общие способности зависят от пропорций смешения элементов в крови в результате переваривания пищи. Вместе с тем физиологически необходимый процесс пищеварения сопровождается наибольшим загрязнением (не все поступающие с пищей элементы полезны и усваиваются), что несовместимо с процессами высшего, духовного порядка. Для Платона важны естественные критерии, с помощью которых постигается истинная сущность вещей, а в медицине таковой является вопрос о появлении жизни. Соответствующие физиологические процессы Платон также связывает с божественным началом, определяя, например, семенную жидкость как субстанцию мозга. Платона отличает стремление к системным рациональным обобщениям, непротиворечивой теории — отсюда и математические объяснения телеологической гармонии.
В свою очередь, в трактовке основных физиологических процессов Платон обнаруживает мало разногласий с системой Эмпедокла: их взгляды на пищеварение, описание систем дыхания и кровообращения весьма схожи. Однако описание их творения и принципов функционирования у Платона полностью построено на телеологическом принципе. Мы встречаем характеристику сердца как «узла вен» и «фонтана крови», рассказ о разделяющемся сплетении сосудов, распространяющихся по всему телу, с указанием целеполагания этого распределения — доставлять с кровью питание всем тканям и органам человеческого тела («Тимей», 70b). Гален следующим образом комментирует аналогии, возникающие в связи с этим описанием: «На примере с оросительными каналами садов Платон описывает систему вен. Он говорит о крупных венах, от которых расходятся [более мелкие], распространяясь по всему телу. Все они расположены внутри организма. Он называет их спинными (νῶτος), так как они расположены вдоль спины. Называя эти сосуды венами, Платон не ошибается, потому что, как мы знаем, древние называли артерии венами. Однако он не совсем прав, когда говорит о разделении тела этими сосудами на правую и левую части. Спинные сосуды различны: одни имеют тонкие стенки и не пульсируют, другие, наоборот, имеют стенки в пять, шесть раз толще и при этом пульсируют. Именно эти сосуды и называются артериями. Кроме того, эти спинные сосуды не располагаются слева или справа, но находятся посередине позвоночного столба, с обеих сторон которого располагаются нервы» (Фр. к комм. 77с9-d3).