Конечно, основное содержание программ обучения оставалось традиционным, «гуманитарным». В них предусматривалось прежде всего изучение древних языков. Латинским языком, остававшимся языком европейской науки и международного общения ученых, Декарт овладел в совершенстве (латынь стала, можно сказать, вторым его родным языком). Много времени отводилось в коллегии изучению произведений древних писателей, освоению правил риторики. Все это занимало более пяти лет учебы. Три последних класса считались «философскими». В древности и в средневековье философия включала в себя совокупность как собственно философских, так и конкретно-научных знаний — метафизику, логику, этику, физику и математику. В философской традиции католицизма господствовал аристотелизм, как он был преобразован крупнейшим из средневековых учителей католической церкви Фомой Аквинским (важнейшим элементом такого преобразования стала теснейшая связь метафизики с теологией и даже подчинение ее теологии). Физика в основном сводилась к аристотелевско-схоластическим умозрительным рассуждениям о природе. Важнейшей новацией, введенной иезуитами в программу обучения в коллегии Ла Флеш, было довольно интенсивное изучение математических дисциплин. Это прежде всего геометрия и арифметика, главным образом в том их содержании, которое было изложено в Евклидовых «Началах», тогда уже хорошо известных и обработанных некоторыми математиками XVI в. в целях преподавания. Вместе с математикой в коллегии преподавались и такие прикладные науки, как фортификация и навигация, поскольку некоторые ее выпускники шли затем на военную службу. Весь этот цикл привлек особое внимание юного Декарта, обладавшего большими математическими способностями.
Многим обязанный своему образованию в коллегии, Декарт тем не менее был недоволен общим характером здешнего обучения, несмотря на новации иезуитов остававшегося в основе своей схоластическим. Стараясь преодолеть недостатки полученного образования, он продолжил учебу. Так, уже вскоре после окончания коллегии, в 1615–1616 гг., Декарт изучал право и медицину в университете города Пуатье и, сдав экзамены, получил степень бакалавра права. В дальнейшем, оказавшись в Голландии, он в 1629 г. записался в университет во Франекере как «студент-философ», а в 1630 г. — в Лейденский университет как «студент-математик». Но университетское образование не играло значительной роли в духовном развитии Декарта, ибо и в университетском преподавании преобладали схоластические идеи, концепции, теории. Свое отношение к ним философ выразил в сочинении «Рассуждение о методе», в котором он сообщает читателю некоторые важнейшие факты своей биографии. В конце I части Декарт пишет, что многие стороны книжной науки разочаровали его еще в коллегии.
В эпоху средневековья основным источником мировоззренческого знания считалась Библия — Священное писание, которое рассматривалось как откровение таинственного и внеприродного бога. Толкование этого документа составляло главное содержание религиозно-философской мысли в многовековую эпоху духовно-идеологического господства церкви. Вместе с тем от культуры античности были унаследованы так называемые свободные искусства, часть которых — геометрия, арифметика, астрономия, музыка — в определенной мере осмысливала природные феномены. Поскольку их содержание почерпнуть в Библии было невозможно, в средневековой теологизированной философии возникла концепция «двух книг», созданных богом. Одна из них — книга в собственном смысле, именуемая греческим словом «Библия». Другая — метафорическая «книга природы».
Эта концепция приобрела наибольшее влияние у тех передовых философов эпохи Возрождения, которые были заинтересованы главным образом в исследовании природы. Декарт, еще не ступив на путь этого исследования, уже с самых молодых лет стремился к такой науке, которая постигает истину, погружаясь в «великую книгу мира». Вместе с тем он писал, что будет черпать истину и в самом себе. И это не менее важно, чем его намерение извлекать истину из «книги природы». Тем самым Декарт выражает неприятие схоластической учености, переполнявшей множество опусов, содержание которых приходило во все более кричащее несоответствие с запросами жизни. Вместе с тем стремление Декарта искать истину в собственном сознании выражало интеллектуальную зрелость человека Нового времени — по своей социальной сути уже главным образом буржуазного человека, полагавшего, что, хотя духовная жизнь общества невозможна без Священного писания, истина в деле познания природы, как и самого человека, может быть найдена лишь на путях их исследования и самостоятельных размышлений. К сказанному следует добавить, что познание «книги мира», с одной стороны, и обретение истины в собственном сознании — с другой, были теснейшим образом связаны друг с другом.