Это прежде всего «Правила для руководства ума», написанные в 1627–1629 гг. (работа не окончена и при жизни Декарта опубликована не была). Как видно из самого названия, это методологически заостренное произведение. Сразу же после своего переезда в Нидерланды Декарт начал работать и над большим конкретно-научным (и вместе с тем, конечно, философским) произведением, которое он собирался назвать «Мир». На основе сложившихся у него принципов механики он задумал нарисовать здесь картину всего мироздания. Летом 1633 г., когда работа была почти закончена, Декарт узнал о том, что папская инквизиция в Риме осудила опубликованный в 1632 г. замечательный труд Галилея «Диалог о двух главнейших системах мира — Птолемеевой и Коперниковой», а самого автора наказала. Это осуждение произвело на Декарта тяжелое впечатление, ибо его «Мир» был написан на основе тех же принципов, что и произведение Галилея. Хотя на Нидерланды как на страну в основном протестантскую угрозы римской курии и инквизиции не распространялись, Декарт, остававшийся католиком, отказался от публикации почти готового труда. Здесь проявились присущие Картезию (его латинизированная фамилия) осторожность и сдержанность. Эти качества философа соответствовали духовному климату той исторической эпохи, когда самой мощной идеологической силой оставалась религия. Правда, Декарт мог бы опубликовать свой труд, устранив ряд принципиальных положений, сближавших его с трудом Галилея, но такого рода операция исказила бы произведение, и он предпочел его не публиковать.
Оправившись от потрясения, Декарт продолжал разработку своей методологии, физики, философии. Итогом напряженной работы стало «Рассуждение о методе», написанное по-французски и опубликованное в 1637 г. Это произведение представляет собой программный документ, в котором автор сформулировал все основные вопросы своей философии, как и направление своих естественнонаучных исследований. Заключая в себе автобиографические моменты, оно формулировало и правила морали, которых Декарт твердо решил придерживаться в своей жизни. Названию и главной направленности этого произведения соответствовали три приложения. В них рассматривались теоретические вопросы оптики («Диоптрика»), метеорологические явления («Метеоры»), проблемы математики («Геометрия»). Приложения демонстрировали эффективность принципов методологии, сформулированных во II части «Рассуждения», конкретизировали его V часть — порядок исследования физических вопросов.
В IV части «Рассуждения о методе» Декарт изложил основы своей метафизики (разумеется, в ее традиционном, аристотелевском смысле — как учения о наиболее общих принципах бытия и знания). Углубленную их трактовку он дает в специальном сочинении — «Размышление о первой философии» (как именовал метафизику сам Аристотель), написанном на латинском языке и изданном в Париже в 1641 г. Второе издание этой работы вышло в Амстердаме в 1642 г., а французский перевод, опубликованный в Париже в 1647 г., назывался «Метафизические размышления». В этом издании к основному тексту были приложены семь «Возражений» на него (их собрал главным образом Мерсенн, разославший рукопись, присланную ему автором, различным философам) и «Ответы» Декарта на «Возражения». Предусмотрительный автор, таким образом, оставлял последнее слово в философском споре за собой.
В те годы его философия проникла в некоторые нидерландские университеты, особенно в Утрехтский. Среди профессоров появились убежденные и энергичные последователи Декарта. Самыми активными и талантливыми пропагандистами картезианства (последующее наименование всей совокупности взглядов философа) были профессора Утрехтского университета Хендрик Ренери и Хендрик Деруа (Леруа, Региус), пришедшие к философии от медицины.